党派门户之争，乃明末政治显著特色。明之亡，有诸多不可避免的必然，而党争所起作用，为其荦荦大者。孟森先生说：“建州坐大，清太祖遂成王业，其乘机于明廷门户之争者固不小也。”隐然有“明非亡于强敌，而亡于党争”之意。而当时之人，则依自己的体会评论道：“尝观国家之败亡，未有不起于小人之倾君子一事；而小人之倾君子一事，未有不托于朋党之一言。”也认为明朝亡乎此，但偏重于从正人遭摈斥也即内祸的角度来看。应该说，以上两个层面合起来讲，才是对明末党争危害的较为全面的认识。
党争发展成党祸，是天启朝的事情，而其起源则远在五六十年前，过程又极为复杂，足够专门写一本大部头的史著。刘承干说：“溯明季门户之争，始于神宗之倦勤，清流之祸，极（与“亟”通假）于熹宗之庸闇。”吴应箕则认为更早：“极于万历丁巳，而嘉靖诸政府已开其渐。”这是说，嘉靖年间，当夏言、严嵩、徐阶各自专权，而党同伐异之时，党争已经形成。这情形，我在叙述嘉靖故事的时候，曾细表过；我并且强调，那种争斗并非偶然，根本上亦非夏、严、徐等人主观有此强烈意愿，而尽出于嘉靖皇帝的驭人之术，是他一手挑拨和掌控的结果。嘉靖时代在明朝历史上的转折意味，于兹再次可见一斑。
门户意识既开，遂演变成为一种政治模式，以及官场套路，后面的人，很容易就走到这种思路里头，既是政治经营的策略，亦是做大官的要诀。张居正作为徐阶的传人，顺理成章继承这笔政治遗产，当政期间，在与高拱等人的较量中，加以新的演绎。到万历中期以后，伴随若干重大问题的争论——从“国本”之议、矿税之争，到“忧危竑议”、“续忧危竑议”、“福王之国”、“梃击案”——朝臣之间，派系林立，咸以彼此攻讦为能事；而政见分歧之外，一些人情世故也渐渐羼入其中，师门、宗姓、乡党……终于形成了齐党、楚党、浙党、东林党这四大政治势力。然彼时之所谓“党”，既无组织，亦无章程、纲领，他们自己内部未见得有“结为同志”的意识，而是自外人、尤其相敌对的政治势力眼中，这些人沆瀣一气，勾结在一起，于是拿“党”这样一个明显带有丑化意味的词相赠。
及魏忠贤崛起，各色党人都聚集到他的麾下，来打击东林党。这时，混战的局面开始简化，变成阉党与东林党之间的单一对抗；基于门户之见的“党争”，也开始走向所谓“小人之倾君子”的“党祸”。
强调一下，对“小人之倾君子”，只能从整体上作此理解，并非只要反对过东林党，便都归于“小人”类。熊廷弼就是突出的例子。他在当御史时，专跟东林党人捣蛋。他在同事中有两个好友，一个叫姚宗文，一个叫刘国缙。三个人都不喜欢东林党，经常联手攻击。熊廷弼这种行为，缘于性格，“性刚负气，好谩骂，不为人下，物情以故不甚附”，用今天话来讲，属于比较“各色”的人——谁都别惹我，惹我我就骂；只要不高兴，逮谁骂谁。很情绪化，有点狂狷的味道，但并不包藏祸心和不可告人之目的。姚、刘这两位，却不同了。他们拼命向东林党开火，意在谋取进身之阶。后来熊廷弼被委重任，经略辽东，姚、刘本着同一战壕之战友“苟富贵，毋相忘”的心理，指望熊廷弼拉一把，熊却不屑搞这一套。于是这两人掉转枪口，倾力诬陷熊廷弼。不单自己干，还鼓动同类群起而攻之，指责熊廷弼欺君、专断、丧师辱国。熊廷弼果然被拉下马。具有讽刺意味的是，替熊廷弼说话、实事求是肯定其功绩和才干的，倒是东林党人。熊罢官后，不服气，要求朝廷派人前往辽东核实情况。原本打算派那些攻击熊廷弼的人担当此任，是杨涟上疏阻止，改派中立的兵科给事中朱童蒙前往；朱返回后递交报告称：“臣入辽时，士民垂泣而道，谓数十万生灵皆廷弼一人所留。”沈阳被破之后，首辅刘一燝（在崔呈秀编织的《天鉴录》中，他排在东林党第四位）出来说公道话：“使廷弼在辽，当不至此。”后来也是因为东林党人支持熊廷弼复出的缘故，魏忠贤一伙把天启二年关外失守的账，记在东林党名下；曾经力攻东林党的熊廷弼，也被他们视为东林党的同路人。
这个故事，说明三点：第一，攻击东林党，未必是小人；第二，小人和君子之间，最终一定不能相容；第三，正人之间，纵然不和，也不失对事实的尊重。
以上，将明末党争来龙去脉略作交代。然后专门说一说东林党。
东林，书院名，在无锡，始建于宋代。当地有个大学者，名叫顾宪成，流传甚广的楹联“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事，事事关心”即为他的手笔，颇透露了他的品性。万历二十二年（1594）因事忤旨，革职，还归故里。从此致力讲学，实现以教育和学术兼济天下的抱负。先是在家中辟“同人堂”，教习士子，同时也常约请常熟、苏州、松江、宜兴等处贤达来无锡讲学。那时，长三角地带已为全国文化和学术最发达的所在，凭此依托，顾宪成迅速聚拢起浓厚的思想氛围，一个学派呼之欲出。不久，倡议重修东林书院，获士绅响应，地方官也乐助其事。万历三十二年修竣，顾宪成任主持，直至八年后（1612）去世。书院既立，又有顾氏这样的名儒主持，各方学者纷至沓来，朝中一些声望素著的官员如赵南星、邹元标、孙慎行等，或遥为呼应，或亲临授学，东林书院一时俨然士之渊薮。
与齐党、楚党、浙党（更不必说后来的阉党）不同，东林党确实有了一点近代政党的影子。它是一个精英群体，有思想、意识形态上的认同，有基本的伦理和治国理念，而非纯粹出于各种功利目的达成的妥协或建立的同盟；同时，更重要的，它不仅仅是一个思想运动，一种空头学术，而明显存在用理论改造现实的强烈意愿，试图去代表和表达比较广泛的民众诉求（这是它在遭受魏忠贤迫害时能够被民众所拥护的原因）。
人们因为思想立场，汇集起来；然后又带着这立场，返于政治实践。万历晚期，东林党人的政治影响力开始显现。他们在诸多重大朝政问题上，发出自己的声音。由于当时政坛，只有东林党人形成自己的基本政治理念，别的派别都是在攘权夺势动机支配下，搞实用主义权术、机会主义政治，相形之下，东林党人看起来似乎就很原则、很执著、很不顺从、很理想主义，总扮演现实的批评者和反对派。这让万历皇帝备感恼火，严厉加以打压；反过来，东林党人在一般读书人和民众中间，却取得良好声誉，被目为“正人”。
这声誉，乃是雄厚的政治资本，藉乎此，随着神宗死去和光宗即位，东林党人遂得成为主流派。一朝天子一朝臣，当初东林党人从维护“国本”的立场出发，坚定支持太子朱常洛，阻挠朱翊钧偏私郑贵妃及福王，现在朱常洛熬出头，当然要对东林党人表示信赖。他开始重用东林党人，虽然在位仅一月便遽尔病殒，但指定的顾命大臣中，东林党人占有相当的比例。“移宫案”中，也正是有赖这些人，朱由校才脱离李选侍控制，实现权力平稳过渡。出于这种关系，刚刚做皇帝的朱由校，与东林党人之间，不但没有龃龉，反而深为倚重，刘一燝、叶向高、邹元标、赵南星、左光斗、孙慎行、杨涟、高攀龙、王之宷、袁化中、顾大章、周起元、魏大中、周朝瑞……这些东林骨干以及同路人，或居高位，或被重新起用，从而出现了所谓“众正盈朝”的局面。
“蜜月”是短暂的，朱由校迟早要跟东林党人翻脸。非因别故，就是因为东林党人以“正人”自居，试图在政治实践中坚持他们从思想理论上认明了的一些理念；反观朱由校，作为皇帝，用“私”字当头去理解、运用和支配权力，同样必然。此二者之间，一定会有抵触，一定将爆发矛盾。
“私”字发挥作用之际，朱由校自然而然与客、魏之流穿上一条裤子，而与扶其坐上龙床的东林党人愈行愈远，直至视之为仇雠。
东林党人，也因为以“正人”自居，不肯妥协，同样陷入一种历史宿命。这宿命，直接地讲，就是“梃击”、“红丸”、“移宫”这明末三大案所形成的历史积怨；欲明天启党祸的由来，三大案实为一个关键。
万历以来，东林党人不弃原则，一直与众宵小为敌，结下很多“梁子”。三大案中，他们得罪了一大批人：太监、宠妃、朝臣中的投机分子等等。这些人个个怀恨在心，但有机会，即思报复。魏忠贤本人“移宫”之际押宝李选侍，又力主将朱由校扣为“人质”。东林党人成功解救朱由校后，杨涟即曾疏劾魏忠贤，欲绳之以法。虽然在王安保护之下，使用调包之计，混淆视听，将李选侍身边另一个名叫李进忠、也犯有过错的太监（前面说过，当时魏忠贤还未改名，也叫“李进忠”）推出抵罪，但这始终是魏忠贤一大心病。后来对杨涟、左光斗等出重拳、下毒手，实在也是被这恐惧所激发——从清洗东林党后推出《三朝要典》来看，魏忠贤的目的就是要翻案，否定东林党人作为这段历史的“正确路线代表”。既然老大一马当先，带头迫害东林党，三案以来与东林党人有各种“不解之怨”的众宵小，能不欢欣踊跃、奋勇向前？
此为党祸发作之前的一些背景。然而，大狱兴起，第一位受害人却并非东林党，而是一个不相干的人。
话说天启四年，魏忠贤权力已达极盛期，阉党亦成气候，“正人”与“小人”之间，已到决战时刻。四月二十一日，有人突然上了一道折子，指控内阁中书舍人汪文言招权纳贿，而其后台正是左佥都御史左光斗和吏科都给事中魏大中。奏折递上的第二天（乙巳日），就有“圣旨”：“下文言镇抚司”，反应出奇地快，恐怕是预谋安排好的。
这个姓汪的，算是当时北京政坛和社交界的一位奇人。歙县人，并非正途出身，过去在县里当一员小吏。有苏秦、张仪之才，聪明之至，脑子好使得不得了，做人也是八面玲珑、滴水不漏，而且颇具侠任之风。因为这些禀赋，万历年间，他被当地一位地方官看中，为他捐了监生的名分，派到北京“卧底”——在官场中“刺事”。由此，汪得以结交京城上层社会，所到之处，为人和才干都教人刮目。靠某种机缘，与当时的东宫伴读王安相识。据说，他经过观察，发现王安“贤而知书”，于是“倾心结纳，与谈当世流品”，风雅之间，彼此相得。后又与东林党人过从甚密，很快成为北京政界要人跟前的红人，或者说，中国明代的“院外活动家”。他以这样的身份，发挥重要作用；《明史》记有两条：一是“用计破齐、楚、浙三党”，详情不明，倘真有此事，此人巧智恍若孔明再世；一是光、熹之际，也就是“移宫案”过程中间，“外廷倚刘一燝，而安居中以次行诸善政，文言交关力为多”——朝廷事靠刘一燝，宫廷里面靠王安，而刘、王之间的沟通，则靠汪文言，最后成功粉碎李选侍的听政企图。这第二件大功，非同小可，汪文言以一民间政治家，在重大历史关头发挥这种作用，也真称得上古今一人。东林党人一直很器重他，叶向高任首辅后，破格简任他为内阁中书舍人。官职虽然顶小，但对一个没有“文凭”“学位”亦即本无资格做官的人来说，却毕竟是把脚踏入了官场。
正为此，尤其汪氏在“移宫案”中扮演了那样的角色，他早已是魏忠贤眼中钉、肉中刺。
但魏忠贤绝不以整汪文言为满足，汪下狱，只是由头，以便挖出“后台老板”，揪出更大的牛鬼蛇神。东林党人意识到了这一点。当时，负责办这案子的镇抚司首脑刘侨，并非阉党。东林党人、御史黄遵素去见他，说：“文言无足惜，不可使缙绅祸由此起。”以避嫌的语气，婉转指出有人想借汪文言案生事，把国家搞乱。刘侨果然秉公办案，不搞逼供信，“狱辞无所连”，对汪文言只做出褫职加打板子的处理。然而，数月后此案复发并在整个党祸中居极重要的位置——此乃后话，先按下不表。
汪案暂告段落，但所有人，东林党也罢，魏忠贤也罢，都晓得事情绝不至此为止。发难汪文言，只是“冷空气前锋”带来的乌云，急风骤雨还在后头，大清洗已不可避免。
面此情势，东林党几个核心人物展开激烈争论：到底要不要跟魏忠贤及其阉党摊牌？杨涟认为退无可退，坚决主张反击。左光斗、魏大中均抱同感，黄遵素、缪昌期则担心“击而不中”，局面不可收拾。
其实，黄、缪的担心极有道理，只是杨涟所见更为透彻。当时形势，无论东林党人反击与否，魏忠贤决心已定，必然下手。不管东林党有无把握，他们都已没了退路。
虽然意见并不统一，杨涟仍于六月初一，单独上疏，矛头径指魏忠贤。列其二十四项大罪，有些是拿来充数的，但大多数是事实，罪名相当严重：擅权乱政，口衔天宪，培植亲信，虐害妃嫔，堕杀皇子，倾陷大臣……
如果朱由校亲自阅读这份奏疏，不知道结果会如何。实际的情形是，奏疏首先落在魏忠贤手里，他倒不敢不呈于朱由校，但据刘若愚说，魏忠贤安排王体乾念给朱由校听，后者“心感客氏培植掌印，遂将如许参本不肯字字念全，而多方曲庇之”。有称，朱由校所以不亲自读本章，系因几乎不识字。这说法很可以让人快意一笑，不过料非事实——朱由校做皇帝以后，已经请了教师的，就算不刻苦，文盲的帽子应该已经摘掉。
王体乾掐头去尾朗读的效果相当理想，而且一旁还有客氏巧舌如簧，“弥缝其罪戾，而遮饰其回邪”。故而朱由校听罢，感觉没什么大不了的，轻描淡写地对魏忠贤说了如下几个字：“尔闻言增惕，不置一辨，更见小心。”听上去倒像表扬。又正式传布一道上谕（出自阉党魏广微之手），着重否认杨疏所提出的“毒害中宫，忌贵妃皇子”这项最严厉的指控，斥责杨涟“凭臆结祸，是欲屏逐左右，使朕孤立于上”。然后故作宽宏大量，表示“姑置不问”；末了，未忘记警告群臣：“不得随声附和，有不遵的，国法具（俱）在，决不姑息。”
随着上谕下达，风潮表面上慢慢平息，双方的较量暂时转入幕后。东林党人努力说服首辅叶向高出面，领导倒魏运动。魏忠贤一伙则在琢磨用什么办法反击。
这边，叶向高还在犹豫不决，那头阉党已经想好对策。阉党中，有个叫冯铨的翰林，他对魏忠贤建议说，这些士大夫们你不真正给他们点厉害瞧瞧，他们是不会住嘴的；本朝的廷杖，专门用来对付不听话的大臣，如今再有捣乱的，就用廷杖——说来也怪，朱由校登基四年多，还从来没有使用过廷杖——当年嘉靖皇帝不就是用廷杖把士大夫打老实了么？
魏忠贤略一回味，就发现这是个好主意。廷杖比之诏狱，就有如无声手枪之于大炮。有的时候，大炮不如无声手枪好使；大炮火力是很威猛，但块头太大，搬弄起来颇费事，手续很多。一旦把人投入诏狱，必须整出口供，整不出来不能结案，前阵子，汪文言案就是这样不了了之。而廷杖，只须万岁爷一句话，打八十，打一百，打二百，就只管拖下去打，不想弄死他就放条活路，倘若取之性命，那也是下手轻重的事，人不知鬼不觉，很好操作。魏忠贤大喜。
看来，整知识分子，还是要靠知识分子自己出主意、想办法。
魏忠贤笃笃定定坐在家中，看哪个倒楣蛋儿首先送上门来。
六月十六日，倒楣蛋儿出现了，名叫万燝，官拜工部郎中。当时，万燝正负责光宗陵墓工程，缺铜，到处找不到，听人说宫里有大量废铜，就发文征集。可自魏忠贤看来，宫中一切，“我的地盘我做主”，一个郎中级别的小外官，磕头来求还则罢了，居然跟我公事公办，发文索要。不给！万燝虽然官卑职小，骨头可丝毫不软。索性动本参魏，所论远远超出废铜烂铁之事，想必也是受到不久前杨涟上疏的激发，破口大骂：
忠贤性狡而贪，胆粗而大，口衔天宪，手握王爵，所好生羽毛，所恶成疮痏。荫子弟，则一世再世；赉厮养，则千金万金。毒痡士庶，毙百余人；威加缙绅，空十数署。一切生杀予夺之权尽为忠贤所窃，陛下犹不觉悟乎？且忠贤固供事先帝者也，陛下之宠忠贤，亦以忠贤曾供事先帝也。乃于先帝陵工，略不厝念。臣尝屡请铜，靳不肯予。间过香山碧云寺，见忠贤自营坟墓，其规制弘敞，拟于陵寝。前列生祠，又前建佛宇，璇题耀日，珠网悬星，费金钱几百万。为己坟墓则如此，为先帝陵寝则如彼，可胜诛哉！今忠贤已尽窃陛下权，致内廷外朝止知有忠贤，不知有陛下，尚可一日留左右耶？
比之杨涟措辞，更无顾忌，痛哉快哉。尤其“忠贤自营坟墓，其规制弘敞，拟于陵寝……可胜诛哉”这几句，极其严厉。
魏忠贤顿时恶向胆边生，“遂矫旨午门前行杖一百棍”，密令行刑者照死里打，“杖后，于御道前倒拖横曳者三匝，甫出而气绝矣。”
好像万燝并非东林党，但后来史家还是把他算作死于党祸之第一人：“此奸逆纵杀立威第一人也。”意思是，魏忠贤是从这里大开杀戒，向东林党发起总攻的。
从这天起，血腥的帷幕缓缓拉开。阉党已然决意全面清算所有敢于向其权威挑战者。但谁也不会想到，下一个目标，竟直指内阁首辅叶向高。在阉党看来，叶向高是东林党人的总后台，虽然叶为人老成持重，甚至私下并不赞同杨涟激化事态的做法，但阉党仍然认为“必去叶向高而后可”，不扳倒叶向高，而欲给予东林党以毁灭性打击，是不可能的。他们像苍蝇趴在鸡蛋上那样，仔细寻找着任何微小的缝隙。
终于，他们找到了。
当时负责纠察京城政纪的御史，名叫林汝翥，据说是叶向高的外甥。不久前，有两个太监虐害市民，治安当局不敢处置，事情传到“纪检书记”林汝翥耳中，大怒：岂有此理！遂绑了来，各处鞭刑五十下。受罢刑，两个太监找主子王体乾哭诉了，王听说林御史乃叶向高外甥，如获至宝，遂与客、魏一起，奏于朱由校，把事情说成林汝翥滥作威福，污辱内臣。朱由校这个傻帽儿，立即相信，命如万燝例，也杖一百，削职为民。
得了旨意，宦官们即扑向林宅。可是那林汝翥事先闻知此事，脚底抹油，不知去向。林汝翥一溜，众宦官正中下怀，当即奔叶向高府邸而来，以林汝翥乃叶氏外甥为由，“群珰数十围叶寓，直入内宣，喧哗搜捉”，直到叶向高紧急上奏，朱由校亲自下令，众宦官这才停止冲击首相私邸，撤围回宫。
林汝翥出于畏惧逃脱，行为怯懦，有失宪臣风范，他自知可耻，不久就现身投案，被打一百棍，几乎死掉。
但这件事情根本是冲叶向高来的。“中官围阁臣第，二百年来所无。”这是巨大的羞辱，发生这种事态，出于荣誉感和抗议，为全体士大夫的尊严计，叶向高必须主动请辞。于是，递上一份又一份辞呈，朱由校照例不允、挽留。但他如果确有诚意，应该处分冲击叶府的宦官，却并无表示。叶向高见状，坚持辞职。虚情假意几个回合，朱由校也就批准了叶的请求。
这又是阉党一大胜利。通往迫害的大门从此豁然，杨涟、左光斗们即将大难临头。
东林党倒也不曾坐以待毙，但他们能够应战的方式，有限而且无力。一是在一些职位人选上，与阉党争夺；一是上书皇帝，指摘和抨击阉党。八月，都察院左都御史孙玮病故，赵南星以吏部尚书主持廷推，拟由杨涟升任此职，但被朱由校断然拒绝。于是，改推高攀龙，得到批准。
结果似乎不错，处境似乎不是那么不利；东林党人紧张的心情，稍得松缓。这或许使他们错误地估计了形势，尤其是朱由校的态度。他们继续抨击阉党，试图在舆论上进一步影响皇帝。其实这根本没用。以朱由校那样是非完全混乱以至颠倒的人，就算递上一万本揭批奏章，亦无损阉党一根寒毛。至于个别职位的争夺，当皇帝本人已为阉党左右的情形之下，也是毫无意义的；何况，允许高攀龙主掌都察院，难保不是阉党一计，故意给你一点甜头，让你错判形势，助你骄纵之气。
实际上，东林党不断参劾阉党人物，确已让朱由校心烦。对于国事，他毫无兴致，只希望别来打搅他干木匠活、嬉玩。魏忠贤、客氏、王体乾等了解这一点。东林党人不断添扰之际，他们就在一旁挑拨，加重朱由校的不悦。他们说，这些人打着忧国旗号，目的却是拉帮结派。这个分析，很能打动朱由校；他觉得这些人喋喋不休的样子，确实像是宗派主义、山头主义。
十月八日，他第一次表态：
近日蹊径歧分，意见各别，爱憎毁誉，附和排挤。大臣顾昔（惜）身名，动思引去，小臣瞻风望气，依违自合。职业不修，政事隳废。当由纪纲不肃、结党徇私，以至于此。特戒谕尔等，涤虑深思，更私易辙。
虽然不曾点名，矛头是指向东林党的，“大臣顾昔身名，动思引去”这句一望而知是针对叶向高。整个旨意，明显可见阉党观点的影响，“结党徇私”四个字正是阉党急欲给予杨涟、左光斗、赵南星、高攀龙等人的定性，现终于被写入上谕。这是重大信号，“事情正在起变化”。
过了几日，因为山西巡抚人选之争，再出一道圣旨，指名道姓谴责魏大中“欺朕冲幼，把持会推，以朝廷封疆为师生报德”。又有“你部院大臣，奉旨看议，何必含糊偏比，委曲（这里作不正直讲）调停”之语。部院分别指吏部和都察院，它们的领导人，一个是赵南星，一个是高攀龙。这道圣旨再次提到“朋谋结党”。
受到皇帝明确指责，赵南星、高攀龙按照惯例，先后请求罢免己职，均得批准。其中，赵南星免职的旨意，径由内出，根本不经过内阁票拟，也就是不给内阁——叶向高去后，韩𤆓继任首辅，他也被视为东林党——说话的机会。高攀龙之罢，虽然交由内阁票拟，但当内阁认为以一件并不很严重的事，驱逐两位重臣（吏部尚书、左都御史属于“九卿”），处置失当时，朱由校——或者完全将他控制起来的魏忠贤等——便甩开内阁，直接传旨准许高攀龙辞职。
韩𤆓、朱国桢两位内阁大臣做了最后抗争，批评这样重大问题一个“御批径发、不复到阁”，另一个虽下内阁票拟却“又蒙御笔改移”，“大骇听闻，有伤国体”。而朱由校的回答，不仅重申对免职者“师生植党”“附和依违，全无公论”“不知有朝廷”的指责，还特意提到“或世庙时必不敢如此”。世庙即世宗嘉靖皇帝；那是士大夫被收拾得最服服帖帖的一段时期，看来，朱由校以及魏忠贤等都对嘉靖时代心神往之，也希望亲眼看到那样的局面。
除内阁外，吏部和都察院是东林党人盘踞的两块最主要的朝中要地，吏部主管干部选用和升迁，都察院负责干部监察和纪检，因此，如果说东林党一度操天启朝组织工作大权，不为过。反之，自朱由校和魏忠贤来看，过去的吏部、都察院完全变质，为牛鬼蛇神把持，是个黑窝。赵南星、高攀龙被揪出打倒，乃端黑窝的第一步。要彻底打掉东林党人的黑线，还需要把斗争引向深入。
十月十六日、十八日，赵南星、高攀龙先后去位，仅隔两天，十月二十日，由顾秉谦、魏广微起草，朱由校批准的一份诏书，即向全国公布。诏书有别于日常政务中的上谕，用以发布更加正式并且要宣达于全体国民的重大决策。与一般的简短不同，这份诏书长四百余字，有点鸿篇巨制的意思，实际上，它就相当于发动反对东林党运动的宣言书。内容分三层，首先是对朝中严峻的政治形势加以回顾和描述：
大小臣庶，坐享国家之禄，靡怀君父之忧，内外连结，呼吸应答，盘踞要地，把持通津，念在营私，事图颠倒，诛锄正人（阉党之自诩），朋比为奸，欺朕幼冲，无所忌惮。
第二，当前“群小”的猖狂和斗争的紧迫性：“迩年以来，恣行愈甚，忠贞皆为解体，明哲咸思保身。”提到四月份以来杨涟等踵继弹劾魏忠贤的浪潮，说：“朕前已有特谕，备极鲜明，如何大小臣工，视若弁髦（弁髦，古代贵族子弟行加冠礼时用弁束住头发，礼成后把弁去掉不用，后喻没用的东西），全不尊信？”——我明明表过态了嘛，立场很鲜明嘛，为什么这些人根本听不进去，全当耳旁风？提到山西巡抚职位会推一事“皆是欺瞒，但遂营谋之私”，提到赵南星、高攀龙的垮台及其反响：“今元凶已放，群小未安，或公相党救，或妄肆猜忖”，意即他们“人还在，心不死”。第三，发出严正警告，表明将斗争进行到底的决心：
谕尔徒众，姑与维新（姑且让你们参加到改过自新的队伍中来），洗涤肾肠，脱换胎骨。果能改图（改变思想认识），仍当任用，如有怙其稔恶，嫉夫善类（阉党之自诩），甘愿指纵之鹰犬，罔虑胎遗之祸患，朕将力行祖宗之法，决不袭姑息之政矣！
曾经有人设想，赵、高罢免之后，东林党人暂作韬晦之想，俯首低眉，或能躲过一劫。其实并无此种可能。权力斗争，犹如两个互相扼住咽喉的人之间的比拼，毫无退路，谁先松手，则性命立为对方所取。职是之故，尽管诏书声色俱厉，尚存于朝的东林党骨干仍然只能硬着头皮顺惯性往下走。赵、高空下的位子，需要提出人选。起初，吏部、都察院分别提出由吏部侍郎陈于廷、左副都御史杨涟暂时代理。这两人都是东林党，不可能获准。不过朱由校还算客气，只是留中不发，冷处理，但意思并不含糊：各位，请给我知趣点儿！
东林党人并非不知趣，然而又有什么办法？如今举朝除了他们自己，都团结到了魏忠贤周围，他们倘若不推举自家人，就只能推举阉党分子，那岂非太过搞笑？因此，朱由校留中不发之后，在陈于廷主持下又搞了一次会推，报上几个人选供定夺——这几个人，还是东林党。
朱由校大觉此乃“给脸不要脸”，怒甚。十月二十八日，降下严旨，痛斥长期以来吏部、都察院为黑线人物所控制，已成独立王国（“吏部、都察院浊乱已久”），质问既然三番五次责令整改，“如何此次会推，仍是赵南星拟用之私人？”接着立刻点出陈于廷、杨涟、左光斗三人，钦定了“钳制众正，抗旨徇私”的罪名，乃至痛骂“老奸巨猾、冥顽无耻”，最末一句：“陈于廷、杨涟、左光斗，都著革了职为民！”
写到这里，不能忘记交代一下。几个月来，今日一道圣旨，明日一篇诏书，似乎朱由校忽然之间变得勤于政事起来。但实在而言，谁也搞不清这些以朱由校名义发表的言论，究竟有多少真正出自他本人。《实录》都直截了当记在他名下，那只是因为它不便指出这些圣旨可能并非出于皇帝本人，否则历史会出现太多的混乱，太多的荒唐。但我们从侧面了解到，朱由校一直无心理国，一直抱着多一事不如少一事的态度，以便有更多的时间和精力去做所感兴趣的事。刘若愚证实，平时，魏忠贤、王体乾等专拣朱由校沉迷于自己手艺的时候来奏事，使后者感到不耐烦，挥挥手：你们用心去办，我知道了。比较可靠的推想是，上述大多数旨意，都由阉党写好，念或解释给朱由校听，取得他同意，然后发表。至于怎么解释，以及念了什么，却是可以有很大自由空间的。
杨涟、左光斗丢官，是东林党人的滑铁卢。这是东林党战斗力最强、声望最高的两位斗士。他们的倒掉，就如同东林党旗帜的倒掉。
除上述三人革职，参与会推的其他官员，被降职贬外。
二十天后，首辅韩𤆓见局势如此，无心恋栈，求去，谕旨即准，且冷嘲热讽，给足难堪。
依序继为首辅的朱国桢，既非东林党亦非阉党，算是当时的无党派人士，魏忠贤对他谈不上仇恨。但过不了多久，老先生发现自己在内阁里呆着，怎么都别扭。表面上他是首辅，权力却教顾秉谦、魏广微之流分去不少。他想不计较吧，别人觉着他还挺碍事。没意思得很。熬到十二月份，熬不下去，请辞，当然也获批准。
天启四年就这么过去了。新年来临之前，整个朝廷，从部院到内阁，原来位居要津的东林党人，辞的辞，免的免，贬的贬，几乎清理一空。毫无疑问，东林党遭受了惨败。
然而，赶跑东林党巨头，并不是阉党的最终目的。阉党分子虽然无缘知道《农夫与蛇》的寓言，但休让冻僵了的蛇苏醒后咬上一口的道理，还是懂的。打倒之后，还要再踏上一只脚、教他永世不得翻身的认识，也是有的。因此，历史掀到天启五年这一页时，“迫害”成了新的年度主题。
政治迫害，首先从圈定名单开始，排阵营、站队、确立打击目标；现代如此，古时也不例外。东林党一倒，各种名单马上出笼，顾秉谦、魏广微进《缙绅便览》，崔呈秀进《天鉴录》，此外有《东林点将录》《东林同志录》《东林姓名》等。这些名单提供给魏忠贤和朱由校，作为组织清理的依据。《缙绅便览》对于列入名单者，分别以姓名旁点三点、二点、一点，区分其重要性。《同志录》与此相仿，惟将点改成圈，画三圈、二圈或一圈。《天鉴录》则将所有人分作首恶、胁从两种。御史卢承钦对提供名单作出解释：
东林自顾宪成、李三才、赵南星外，如王图、高攀龙等，谓之“副帅”，曹于汴、汤兆京、史记事、魏大中、袁化中等，谓之“前锋”，李朴、贺烺、沈正宗、丁元荐，谓之“敢死军人”，孙丕扬、邹元标，谓之“土木魔神”。
这种取诨名、将人妖魔化的斗争手法，经历过“文革”的人，会感到眼熟。别出心裁、最有创意的是《点将录》，考虑到上呈的对象文化水平不高，为使其了解名单中各人的角色和重要程度，特意模仿《水浒传》“水泊梁山论定座次”：
天罡星托塔天王李三才、及时雨叶向高、浪子钱谦益、圣手书生文震孟、白面郎君郑鄤、霹雳火惠世扬、鼓上皂（蚤）汪文言、大刀杨涟、智多星缪昌期等共三十六人，地煞星神机军师顾大章、早地忽律游士任等共七十二人。
凑足百单八将，生动形象，寓政治于娱乐，大老粗魏忠贤一看就懂。
这类名单一时满天飞，乃至有书贾借以牟利。江阴一位书商，不知哪里弄来东林党人李应升（天启御史，《三朝野记》作者李逊之之父）之舅蔡士顺编撰的书稿《尚论录》，“凡列声气二百余人”，刻印数十部携至京城来卖。礼科都给事中徐耀听说其中有自己的名字，“恐为异己者所构”，出大价钱把全部的书买断，“秘不出”，等于被敲诈一把。
后来，形成了统一的钦定的名单：《东林党人榜》。朱由校批示：“一切党人，不论曾否处分，俱将姓名、罪状刊刻成书，榜示。”
敌我“甄别”工作开展同时，再定是非，把“被东林党颠倒了的历史重新颠倒过来”。前面说过，魏忠贤在“移宫案”中追随李选侍、阻挠朱由校登基，这无法改变，也无法否认，他为己洗清的惟一办法，是推翻东林党赋予此案的是非。魏忠贤之外，阉党绝大多数人来自当年东林党的对立面，在若干重大历史问题上，与魏忠贤有同样需要。
天启五年初，这种呼声渐起。四月，刑科给事中霍维华上疏，全面推倒“三案”（梃击、红丸、移宫）。五月，吏科给事中杨所修主张正式布置官方历史编写机构，以新的观点，对“三案”历史问题重新叙述；还要求比照“大礼议”后嘉靖皇所修《明伦大典》，把“三案”中的有关奏疏编辑成书，从中传达何为正确何为谬误的立场。天启六年元月，正式决定开馆修《三朝要典》（成立写作班子），特谕明确指出，《要典》“凡例体裁，一仿《明伦大典》”，“凡系公论（阉党观点主张），一切订存。其群奸邪说，亦量行摘录，后加史官断案，以昭是非之实。”
《要典》以极快速度编成，八月即刊行天下，规定：今后一切咸依《要典》论是非。彻底否定东林党，乃是主旨。因此，从万历年间立储争国本（替朱常洛争太子地位）到朱由校登基问题，长达六十年的历史，全部按照反东林党的观点重新审视。这当然符合阉党利益，但让人永远弄不懂的是，当时在所有相关问题上，东林党诤谏朱翊钧、反对郑贵妃、李选侍，均是直接间接维护朱常洛、朱由校父子的地位，然而到头来，朱由校却与当初损害他的人站到一起，判东林党为非，东林党敌人为是。即便这里无涉正邪曲直，单从常识讲，朱由校的行为亦实难为任何旁观者所理解，无怪后人称其是世所罕见的至愚至昧之人。
既然能搞出这样一部敌友不分的“历史决议”，接下来，当年两大救驾功臣杨涟、左光斗被活活整死，也就不足为奇。
东林党是倒了，被他们“窃取”的权力也都收回，但是归根结底，他们不曾谋反，也不曾叛国，没有犯任何死罪，双方只是政治斗争，套用现代语说，只是“两条路线之间的斗争”。这让魏忠贤以及很多对杨、左等恨之入骨的人感到不爽。他们是期待看见东林党骨干分子锒铛入狱，甚至人头落地的。
怎么办？另找突破口。
现代的经验，欲把人整臭，就说他有“生活作风”问题。在明代这一条不灵，妻妾成群合法，寻花问柳也不丢人。那时能把人拉下马来的好办法，是指责他“招权纳贿”。一旦如此，政治问题就变成刑事犯罪。
阉党打的正是这个主意。他们重新想起约数月前那个曾被逮捕却让前镇抚司头头刘侨释放的汪文言。而今，刘侨早已被魏忠贤革职为民，让亲信许显纯掌理镇抚司。
四年十二月，汪文言“二进宫”，这次罪名是受熊廷弼委托，行贿。收受贿赂者谁？杨涟、左光斗诸东林党人也。
熊廷弼行贿，这件事有的，但行贿对象不是杨、左，恰恰是魏忠贤！《明史·熊廷弼传》：“……后当行刑，廷弼令汪文言贿内廷四万金祈缓，既而背之。魏忠贤大恨，誓速斩廷弼。”熊在个性上，确有怪诞之处；讲好用四万两银子买条性命，交易达成后，却翻悔，不肯出钱，把魏忠贤气得七窍生烟。正好，想置杨、左等于死地，即把索贿的罪名安在他们头上。这才叫猪八戒倒打一耙。
熊与东林党人之间，从头到尾始终有不解之缘。朝中为官时，他因“刺儿头”脾性，跟东林党彼此闹得很不愉快。后来去辽东主持军事，被人进谗言免职，反而是东林党人（首辅刘一燝）替他说话。重获起用后，与当时辽东另一负责人王化贞，在战略及诸多具体问题上意见相左。这王化贞又偏偏是东林党领袖、时为内阁首辅的叶向高的门生。王仗着叶向高，打压熊廷弼，而实际上，王的一套都是错的，正确路线掌握在熊廷弼手中。因为不采用熊的策略，遂于二年正月酿失守广宁（今锦州）、溃退关内之祸。王化贞下狱，熊廷弼免职听勘。四月，三法司专案组确定狱词，判王、熊同罪，“并论死”，敲定狱词的，恰恰又是左都卸史邹元标这样的东林党人。于是才有熊廷弼行贿“内廷”的举动发生，没想到，又因此大大得罪了魏忠贤。魏忠贤一恼，熊廷弼和东林党人，从冤家对头忽然变成同伙，死于同一桩案子。再过二三年，到了崇祯朝，出面呼吁为熊廷弼平反的，竟然也是东林党人，复出再任大学士的韩𤆓力奏：“自有辽事以来，诓官营私者何算，廷弼不取一金钱，不通一馈问，焦唇敝舌，争言大计。魏忠贤盗窃威福，士大夫靡然从风。廷弼以长系待决之人，屈曲则生，抗违则死，乃终不改其强直自遂之性，致独膺显戮，慷慨赴市，耿耿刚肠犹未尽。”这段历史的曲折跌宕，真让人惊讶不已，而最终来看，东林党还是做到了秉公论事。
回头再说汪文言“二进宫”。此番由大酷吏许显纯鞫治，情形自不一般。五毒备至，死活逼汪供认杨、左收纳了熊廷弼之贿。“文言仰天大呼曰：‘世岂有贪赃杨大洪（杨涟，字大洪）哉！’”“以此衊清廉之士，有死不承！”真是条汉子！许显纯无奈，动手伪造供词，“文言垂死，张目大呼曰：‘尔莫妄书，异时吾当与面质。’”这提醒了许显纯，“遂即日毙之”。
凭着捏造而且死无对证的“汪文言口供”，阉党提出长达二十余人的有罪名单，赵南星、杨涟、左光斗等皆在其内。他们从中挑选最为切齿的六人——杨涟（前左副都御史）、左光斗（前左佥都御史）、魏大中（前吏科都给事中）、袁化中（前御史）、周朝瑞（前太仆少卿）、顾大章（前陕西副使）——派缇骑（锦衣卫）至各地捉拿，投入诏狱，分别栽赃三千两至四万两不等；赵南星等十五人则命各地方抚按提问、“追赃”。
吴中为东林发祥地，有一大批东林要人。故而，天启六年春，继杨、左之后，魏忠贤为使吴中东林要人落网，又专门炮制一案。手法与汪案如出一辙：造假。他们抓住了任苏杭织造的太监李实的一些把柄。据说吴地东林党人朝中被逐还乡之后，有意效仿当年杨一清用张永除刘瑾故事，“用李实为张永，授以秘计”，事为魏忠贤所闻，威胁李实，命他以“空印白疏”——盖了苏杭织造官印的空白公文——为交换，然后由魏忠贤死党李永贞于“空印白疏”上构撰诬陷文字，呈奏朱由校，将苏、锡、常一带削职或落职在家的八位重要的东林党人逮捕归案。以上只是一说，内幕则一直不明。实际上，东林党人不大可能与李实密谋，后者贪虐，屡与苏松巡抚周起元等东林党人相冲突。刘若愚说，崇祯元年七月初四，他被提出监，御前讯问，“只辨朱墨之压否何如”，即辨认文字是不是后写上去的，据此“乃止以墨迹盖朱，即指为永贞成案，永贞虽死，真正捏砌填写此本这人，尚漏网幸免扬扬于圣明之世也”，语气相当存疑。
被批捕的吴地八位重要东林党人是：高攀龙（前左都御史）、周起元（前右佥都御史、苏松巡抚）、缪昌期（前左赞善）、周顺昌（前吏部文选员外郎）、周宗建（前御史）、黄尊素（前御史）、李应升（前御史）。他们的罪名是贪污——“诬起元为巡抚时乾没帑金十余万，日与攀龙辈往来讲学，因行居间”——周起元贪污公款，并用于东林党人的活动与联络。上述八人，坐赃三千至十万不等，先后投入诏狱；只有高攀龙在缇骑将至的前夜自沉园池，他在遗书中说：“臣虽削籍，旧属大臣，大臣不可辱，辱大臣则辱国矣。谨北面稽首，以效屈平（屈原）之遗。”事后看，他的自杀，竟然幸免于炼狱之外。
两次大逮捕，在各地都引起社会严重反弹，甚至激成民变。这是整个天启统治期间，中国唯一令人感动的时刻。
杨涟“在朝正直，居乡廉谨，天下共知”。因此，在其湖北老家，“一闻逮系，郡县震惊”，老百姓奔走相告，“欲夺涟而禁官旂”，城外“众集至数万，府道开谕不能散”。最后，是杨涟亲自“带刑具出城”，以“恐累族诛”为由恳求父老乡亲，群众始散。等到杨涟押解上路之日，随囚车前来送行的，有上万人之多；老婆婆、卖菜的、盲人和乞丐“争持一钱以赠涟”，为助杨涟“完赃”略尽绵薄之力。各州县以及乡村，“为涟设醮祈祷生还者，至数百处”；连锦衣卫官兵，或出于感动，或示好民众，也出钱在关帝庙前为杨涟设醮。进入河南，情形一如湖北。“河南州邑，无不为涟请祷。”更有数以千计的人，自备资粮，把杨涟一直送到黄河岸边。
周顺昌在故乡吴县极有声望，平时民间若有冤情，抑或事若涉及民众利益，他经常出面找有关当局陈诉，“以故士民德顺昌甚”，非常认可他。抓捕周顺昌的消息传开，一连数日，县城喧闹不止，街头到处是非正式集会，为周鸣冤叫屈。到起解那天，数万人从四面八方赶来，不期而至，向巡抚毛一鹭和巡按徐吉请命。素来飞扬跋扈的厂卫鹰犬，起初没把人们放在眼里，厉声呵叱：“东厂逮人，鼠辈安敢如此！”把镣铐狠狠扔在地下，气势汹汹叫嚣：“犯人呢？犯人在哪儿？”走狗的气焰益发激怒民众，有人喊道：“我还以为是皇上抓人，原来是东厂这帮杂种！”一语甫毕，在场数万人“蜂拥大呼，势如山崩”，竟动起手来，打得厂卫鹰犬抱头鼠窜，当场打死一人，多人重伤。毛一鹭、徐吉吓得不敢吱声。直到较有民望的知府寇慎、知县陈文瑞“曲为解谕”，事态才渐渐平息。另一说，现场大乱时，是周顺昌亲自劝解，加上巡抚、巡按被迫承诺，暂不押解周顺昌，“明晨出疏保留”，然后百姓亲眼看见将周顺昌安置在官署，方才作罢。第四天，趁夜半寂无人知，缇骑押着周顺昌偷偷乘一小舟，“如飞而去”。逮捕周顺昌引发的暴乱，令魏忠贤“大惧”，一度不敢再派缇骑出京。
左光斗、魏大中、周宗建等人的被捕，在各地均程度不同引致骚动。
镇抚司诏狱，实为人间活地狱。里面酷刑，想象到，没有做不到的，种种惨毒，难以尽述。权以杨涟所受之刑为例，他被许显纯铁钉贯耳、土囊压身，毒打至“体无完肤”，“死而复甦者数次”。清初桐城派泰斗方苞，作为左光斗故乡后辈，在名篇《左忠毅公逸事》中，记录史可法亲口对其父母讲述的当年潜入诏狱探望恩师左光斗，所目击的情形：“左公被炮烙……倚墙席地而坐，面额焦烂不可辨，左膝以下，筋骨尽脱矣。”
左光斗意识到，这样下去，魏忠贤、许显纯一伙势必用酷刑直至把他们整死。他不甘心这样被了结，与他的同志们商议，是否屈承罪状，“冀下法司，得少缓死为后图”。这是因为，自从朱棣以来，诏狱便是超越于法律之外的秘密监狱，生杀予夺，一切可以不依程序，当犯人罪行确定之后，才移交刑部等司法部门定罪。左光斗的建议，就是抱此一线希望，先逃脱许显纯毒手，再图后举。这提议，其他五人均表同意；他们当中一半人原先职务与司法有关，显然，是依据经验认为可行。他们的天真在于，面对穷凶极恶之魏党，仍然以为程序可以起作用。于是，“诸人俱自诬服”。
可是所期待的情形根本不曾发生，六人的认罪，让魏忠贤喜出望外，益觉立于不败之地，继续羁押于诏狱，并迅即转入“追赃”的下一阶段——“令显纯五日一追比，不下法司，诸人始悔失计。”追比，即给完赃规定日期，到期不完者用刑；五日一追比，就是以五天为一期限，不能如数缴款，到期用刑一次。
东林书院旧址
万历二十二年（1594）顾宪成忤旨革职，归里讲学，先在家中辟“同人堂”，后倡重修东林书院，获士绅响应。万历三十二年修竣，自此遂为士之渊薮。
周茂兰像
周顺昌之子。天启党狱，冤深似海，崇祯皇帝决定拨乱反正后，一时间血书潮般涌来，周茂兰就曾刺血书疏，为父伸冤。
这些东林党人，大多为官清廉，家境也很清寒。魏大中“宦游十载，家徒四壁”；周顺昌“出入京华，唯一肩行李；涉历宦途，止廿亩山田”；李应升“廉名远布，宦橐萧然”……
杨涟更是家境“素贫”，所有家产充公，尚“不及千金”。他下狱之后，年迈老母流浪在外、寄宿谯楼，两个儿子以乞讨餬口和奉养祖母。“征赃令急”，杨涟根本拿不出钱来，“乡人竞出赀助之，下至卖菜佣亦为输助”，仍是杯水车薪。根据许显纯的奏报，追比的成果不过是：七月八日追得三百五十余两，七月十三日追得四百余两……而栽在杨涟名下的赃款数额是二万两！以此速度，最后完赃将追比多少次可想而知——他是断无活命之望的。
尤有甚者，朱由校感觉五日一追比还不过瘾，特命加重处罚，改为“逐日追比”。
杨涟等赃私狼藉，著逐日研刑追比若干。著五日一回奏。待追赃完日，送刑部拟罪。
这个朱由校，且不说作为一国之君，即便从任何日常为人的基本道义看，都可称狼心狗肺。他宠任客氏、魏忠贤等，驱逐朝中正人，甚至将杨、左等逮捕下狱，我们皆可置之不问；然而，他竟以“逐日追比”惨毒无比的方式对待杨、左，完全超出于“愚闇”之外，惟以天良丧尽可堪解释。当年，杨涟于“移宫案”中，为他帝位不保忧心如焚，日夜焦思，“六日须发尽白”。这种光景，我们仅见于阻于昭关的伍子胥，所不同者，伍子胥乃为自己性命不保、家仇难报至此，杨涟却是为他矢志效忠的君主和国家如此。对这样的忠臣和恩人，朱由校竟然似欲食肉寝皮而后快，普天之下心肝烂掉的人，他可算头一个。
有此严旨，而杨、左又无法完赃，其毙于狱中的命运已然注定。在打无可打、打得已无人形之下，公元1625年，天启五年七月二十六日，深夜，杨涟、左光斗、魏大中三人，被许显纯秘密处死于诏狱。杨涟时年五十四，左光斗五十一。人们见到他们的尸体时，血肉模糊，溃烂不可识，“尸供蝇蛆，身被重伤，仅以血溅旧衣，裹置棺内”。
八月、九月，首批投入诏狱的“六君子”中余下的三位，袁化中、周朝瑞、顾大章，也先后遇害。
以吴中东林党代表人物为主的第二批遭迫害者，周起元、缪昌期、周顺昌、周宗建、黄尊素、李应升等，于天启六年四月至九月间，同样在饱受酷刑之后，尽数毙于狱中。
另有前刑部右侍郎王之寀，以另案先期死于狱中。王是“三案”之第一案“梃击案”主要办案官员之一，时任刑部主事。他坚持事实，而事实对郑贵妃等极不利。当时，万历皇帝已有二十五年不曾露面，就因为王之寀就“梃击案”提出的证据相当有力，牵涉郑贵妃，才逼得朱翊钧二十五年后首次接见朝臣，亲自为郑贵妃辩解。此事轰动一时。后来，王在党争中遭到陷害，削职。天启初复出，战斗力不减，就“红丸”“移宫”案，猛烈攻击群小。天启五年，修《三朝要典》，列王之寀为“三案”罪首，“遂逮下诏狱，坐赃八千”。
细思之，天启党祸，对明朝命运并无决定意义。党祸发生，诚然起到了助纣之效；但设若不发生，谅亦无改国势颓坏之趋向。整个事件中，我们只发现一点积极因素，即民心向背，拘捕东林党人时，各地迸发出来的在古代难得一见的民间社会径直表达政治意愿的热情，十分可贵。倘使认识到民心可用，顺势而为，或可拯救国家于衰弱之中。然而，这近乎天方夜谭，以二百余年来朱明政权的极端黑暗和反动，顺民意求改革，当系世间最不可能发生之事。
朱由校、魏忠贤用骇人听闻的毒狱，将这政权的反人民本能，作了最后一次淋漓尽致、欲罢不能的宣泄。任何时候，回顾这段充斥了迫害、虐待和残忍的历史，中国人都将深感蒙羞。聊以欣慰的是，正义仍存人心，而东林党人的表现也显示了极其勇敢、刚强的英雄气概。时隔近四百年，捧读《左忠毅公逸事》那样的篇章，仍令人热血沸腾，肃然起敬。历来中国人文中的这种精神和情怀，应当视为民族宝贵财富加以搜蒐，世世传诵、哺育后人。在此，特将李应升下狱后写给其子李逊之的遗书，恭录于后。其文平白，其情深挚，其心坦荡，读之可知正人君子如何处世：
付逊之儿手笔
吾直言贾祸，自分一死以报朝廷，不复与汝相见，故书数言以告汝。汝长成之日，佩为韦弦，即吾不死之日也。
汝生于官舍，祖父母拱璧视汝，内外亲戚以贵公子待汝，衣鲜食甘，嗔喜任意，骄养既惯，不肯服布旧之衣，不肯食粗粝之食，若长而弗改，必至穷饿。此宜俭以惜福，一也。
汝少所习见游宦赫奕，未见吾童生秀才时，低眉下人，及祖父母艰难支持之日也。又未见吾今日囚服逮及狱中，幽囚痛楚之状也。汝不尝胆以思，岂复有人心者哉。人不可上，势不可凌。此宜谦以守身，二也。
祖父母爱汝，汝狎而忘敬，汝母训汝，汝傲而弗亲，今吾不测，汝代吾为子，可不仰体祖父母之心乎？至于汝母，更倚何人？汝若不孝，神明殛之矣。此宜孝以事亲，三也。
吾居官爱名节，未尝贪取肥家。今家中所存基业，皆祖父母苦苦积累。且吾此番销费大半。吾向有誓愿，兄弟三分，必不多取一亩、一粒。汝视伯如父，视寡婶如母，即有祖父母之命，毫不可多取，以负我志。此宜公以承家，四也。
汝既鲜兄弟，止一庶妹，当待以同胞，倘嫁中等贫家，须与妆田百亩。至庶妹母，奉事吾有年，当足其衣食，拨与赡田，收租以给之。内外出入，谨其防闲。此桑梓之义，五也。
汝资性不钝，吾失于教训，读书已迟，汝念吾辛苦，励志勤学。倘有上进之日，即先归养，若上进无望，须做一读书秀才，将吾所存诸稿、简籍，好好铨次。此文章一脉，六也。
吾苦生不得尽养，他日伺祖父母千百岁后，葬我于墓侧，不得远离。