1627年9月30日，旧历八月乙卯日，天启皇帝朱由校以二十三岁之龄和并非致命之绝症正常死亡。
真是罕有之怪事。这么年轻，也无人谋害，根据史料，死因只是上溯两年之前发生的溺水事件——当时乃是盛夏，他受惊之外居然受凉，并且健康状况就此崩溃，缓慢而不可逆地走向死亡。他可能是有史以来身体抵抗力最差的小伙子，弱到让人无法理解，只能情不自禁地设想，必是天不佑彼，就像他所象征着的朱明王朝。
他死后两个多月，也即天启七年十一月，魏忠贤自杀。客氏浣衣局掠死。客魏两家均被抄家；魏忠贤侄魏良卿，客氏子侯国兴、弟客光先伏诛、弃市，家属无少长皆斩。
大臣中爬至高位的阉党，只杀了一个人，崔呈秀。
阉党势力盘根错节，未能一遽而除。
崇祯元年上半年，魏忠贤扶持的内阁黄立极、张瑞图、施凤来等陆续罢。五月，毁《三朝要典》，销其板。二年三月，始定逆案，分处磔、斩立决、秋后处斩及充军、坐、徒、革职、闲住等罪名，计二百余人。而阉党人数，实远多于此。
拨乱反正过程中，令人唏嘘的一幕，是遇难诸臣后代奔走呼吁，以及他们揭露出来的凶残与黑暗。噩梦般的细节，见证、诠释了人妖颠倒、法度荡然、暗无天日的现实。
袁化中之子袁勋率先上书，拉开了遇难诸臣后代鸣冤的序幕。
几天后，黄尊素之子，未来的明清之际思想巨人黄宗羲，上书崇祯皇帝，陈述蒙冤者的惨状，和冤案对一个家庭的毁灭：
迨下镇抚司打问……酷刑严拷，体无完肤……一日，狱卒告父曰：“内传今夜收汝命，汝有后事，可即书以遗寄。”臣父乃于三木囊头之时（“三木”是脖子、手、脚上都上木枷；“囊头”是把头用口袋套住），北向叩头谢恩，从容赋诗一首，中有“正气长留海岳愁，浩然一往复何求”等语。自是，而臣父毙命于是夕矣。
诬坐赃银二千八百两，臣痛父血，比遍贷臣之乡商于京者，并父之同年、门生，差足交赃将完，而杀机遂决矣。
由这份倾述父冤的奏疏，可想见黄尊素的遭际对黄宗羲反君权的思想萌芽，会起很大作用。
杨涟之子杨之易，拿出了父亲狱中被打得遍体脓血之时，蘸血所写绝笔书《枉死北镇抚司杨涟，绝笔书于狱神之前》。全文两千余字。杨涟自知必死，叩托于顾大章，万一得见天日呈于圣上。顾大章妥为藏匿，终于保留下来。
绝笔书将全部感受归纳于一句话：“公论与人心、天理俱不足凭”。杨涟讲述自己在狱中的情形：“一入都，侦逻满目，即发一揭亦不可得，下情不通至于如此。打问之日，汪文言之死案絷，不容辩。血肉淋漓，生死顷刻，犹冀缓死杖下，见天有日，乃就本司不时追赃限之狠打（强忍酷刑，不想自杀，以待拨云见日）。此岂皇上如天之意、国家慎刑之典、祖宗待臣之礼，不过仇我者立追我性命耳！借封疆为题，追赃为由，使枉杀臣子之名归之皇上。”
字字血，声声泪。
魏大中之子魏学漮、周顺昌之子周茂兰，也各上血书。魏学漮代表“惨死诸臣之子孙”，恳求崇祯皇帝谁许将元凶魏忠贤、许显纯首级交与他们，献于“镇抚司牢穴前，呼其先人，哭痛浇奠”。由于冤情似海，一时间，血书潮般涌来，以致崇祯不得不加以制止：“血书原非奏体，以后悉行禁止。”
奸人就戮，阉党覆灭，忠正洗冤。
某种意义上，明代最暗无天日的一段历史或许可说尘埃落定了。然而，事情本身虽然划上句号，它的影响却不曾终止。这样一种恶，投射于人心和社会的阴影，不会因为几个恶人受到惩罚而消失。表面上尘埃落定，内里的颓丧、不满和绝望，则留存于生活的每个细胞。
这就是新君朱由检面临的根本性的悲剧局面。他精疲力竭以求重整朝纲，却发现从人民百姓到士大夫，没有人买账。最终来看，朱由检不过是试图以一人之力，去还几代皇帝共同欠下的债。
他不明白事情是这样的，困惑、哀叹、愤怒、自怜。
他不知道，只有明朝灭亡，才是真正的尘埃落定。