余新所部的溃兵逃到郑成功的大营后，延平郡王急忙起身，亲自询问此战经过，很快就发现明军几乎没有进行抵抗就宣告崩溃。由于明军营地庞大，突袭的清军数目不多，加上又是夜间，明军士兵没有进行抵抗就带着家眷四散逃亡，大多数居然还都脱险了。
“余新当真误事，他在城门外有没有布置哨探？”郑成功顾不上生气，急忙摊开地图，点起蜡烛查看地形，片刻后他就有了定计，指着位于余新营地和明军主营之间的几座山头开始下达命令，通知各营明军火速移营，集结兵力准备迎战敌军。
听了逃回来的士兵报告后，郑成功估计出城的清兵并不多，应该是一场试探性进攻，余新战败之快大大出乎郑成功意料，但他认为这可能会刺激到南京守军，打算直接突袭自己的大营。
“城内鞑丑兵力不足，轻松取胜后多半会行险。”郑成功感到这似乎是一个好机会，他命令数营兵马立刻移营去占据山头的制高点，遮蔽清军视野，同时下令甘辉带领中军和其他数营将领一起隐藏于山后。若是清军如郑成功所料的那样想连续进攻，就由位于山上的明军吸引住出城的清军，等清军攻山疲惫后，明军再从四下杀出，将南京的清军包围起来。
而在接到管效忠和梁化凤的捷报后，郎廷佐也确实大喜过望，没想到郑成功的前锋官竟然如此不堪一击。两江总督急忙命令只留驻防八旗于城内，全军趁夜出城，与城外的清军合营。郎廷佐自信满满地对部下、幕僚解释道：“贼人定然以为我们不过是一场夜袭而已，天明前就会退回城中，明日凌晨我们就全军突袭郑逆的大营，他绝对想不到我们兵少还敢主动进攻，定然也是全无防备。只要擒杀此贼，那贼人必定大乱啊。”
现在清军对城外明军的营地部署已经相当了解，若是等到发现清军全军来袭后才开始调动的话，都是步兵的明军一定难以聚集。
天亮前，郑成功已经带着亲卫赶到山谷中，他把自己的指挥旗设在此处，不但可以指挥山上的明军，也可以隐藏起来不被清军发现。很快郑成功派出的亲卫就返回报告，说发现大队清军从余新的营地开出来，看上去密密麻麻的足有数万之数。
“果然不出我所料，虏丑孤注一掷了。”南京清军既然撕下了诈降的伪装，郑成功断定他们一定会抓紧时间试图取得更大的战果，而不敢给明军准备的时间。既然南京清军倾巢出动，那只要打赢这一仗，郑成功觉得大炮都不需要铸造了：“围歼他们之后立刻攻城，今晚就拿下南京。”
不过让郑成功着急的是，各营兵马迟迟没有聚集，就连中提督甘辉的人马也只到达了一小半。而奉命驻扎在山上的各营，目前只有将领带着亲兵和少量手下抵达，各营主力都还不见踪影。
“怎么回事？”郑成功有些生气地问道，连续派人去各营催问，同时责备身边的几位将领：“昨夜便让你们移营，怎么此时还没有聚拢兵马？”
众将都面有愧色，无法回答郑成功的问题，他们接到命令后就开始催促手下集合，但直到天快亮了也就集中了亲卫而已。现在各营的营兵到底都身在何处，这些将领也不清楚，只知道到处都是乱糟糟的。因为担心迟到会被郑成功责罚，所以将领们等不及军队聚齐，就带着身边的人马匆匆赶来，但没想到同僚也和他们一样。
一直等到清军已经靠近明军战线，各营的部队还是远远没有到达，将领带着亲卫去前线后，后面的部队始终无法收拢赶来。
驻扎在山上的四营兵马理论上应该有一万甲兵，还有大量辅助的丁壮，但现在却只有两千多人，而且因为缺少人手而没有能够修建起坚固的工事。
见山上兵力薄弱，就有人劝郑成功将两翼的兵力增援上山，郑成功一时难下决心。因为他本来认为在山上放上一万甲兵就足够了，等清兵因为攻山而精疲力竭的时候，他的中军就会和两翼的明军一起发起进攻，把清军合围消灭。若是现在把两翼的兵也增援上山，那么清军的哨探就可以不受阻挡地前进，观察到明军隐藏在山后的中军；而且若是放弃了两翼，万一交战不利，明军的中军就反倒会被清军包抄了。
“或许各营兵马很快就会被军官带着赶到，现在贸然移动只会平添混乱。”郑成功犹豫片刻，还是没有下令增援，而是继续派人去后方催促，让增援部队加速赶路。
此时清军已经抵达，见山上有明军旗号后，梁化凤和管效忠稍一商议，就决定攻山而不是继续沿着山边的道路行军。攻下这个山头后，清军就能获得开阔的视野，不至于对附近明军的数量和调动一无所知。现在梁化凤的两千五百步兵也与他汇合，手握三千兵马是清军将领中实力最强大的。
“用骑兵攻山恐怕不妥。”管效忠不反对攻山，不过他建议等一等步兵，保留骑兵作为预备队，这样若是明军在清军攻山时发动反击，清军也能较快地作出反应。要是骑步混杂着尽数去攻山，大批明军突然从四周杀出，局面就会变得不可收拾。
“提督何必如此小心，”梁化凤认为管效忠过于保守，而且延误战机：“正如总督大人所言，郑逆定然想不到我们全军突袭。不过现在他们可能知道了，正在手忙脚乱地调遣兵马，要是我们在这里耽搁时间太多，突袭他大营时就会麻烦许多。”
管效忠承认梁化凤说得有道理，既然清军是以小搏大，冒险也是不可避免的，再说郑成功在此埋伏的可能性确实几乎不存在，就不再犹豫而是下令清军的骑兵、步兵一起对山上的明军发起全面进攻。
上万清军向山上发起仰攻，梁化凤和管效忠的骑兵很快就冲进明军的战线，清军欣喜地发现山上明军不仅数目有限，而且连工事都很不完备，只有部分地方修筑了一些单薄的木栅栏。
看到清军骑兵不受阻碍地冲到近前开始与明军厮杀，他们背后的步兵也快速地靠近，梁化凤得意洋洋地对管效忠说道：“提督请看，末将说的不错吧，这根本就是一支孤军而已，他们连挖掘战壕的丁壮都没有。”
而在山谷内，见清军已经开始冲山，后援还迟迟不到，郑成功急忙命令两翼的部队增援，若是山头丢失，那么清军就会把明军的部署一览无遗。
但山上明军支撑的时间比郑成功想像得还短，差不多在他下令的同时，山头上的明军就已经开始溃败。这几天明军疏于操练，昨天接到紧急命令后，这些士兵才急匆匆地告别家人，跟着将领、军官出战，上山后人心不定，也不知道后方的家属是否安全；还有一些最后赶到的士兵，他们找不到帮助搬运武器的辅兵，就只能自己扛着盔甲、兵器一路跑来，上山后就已经累得气喘吁吁，而且还来不及休息清军就已经发起了进攻，疲惫不堪的明军士兵很快就开始败退。