如今福建已经有陆军二十万，其中披甲超过六万，战斗力最强的是达素带来的禁卫八旗一部、河南、山东绿营精锐，以及从福建耿继茂、广东尚可喜那里征召来的几千藩王卫兵——这些都加起来，大约有骑兵披甲一万二千，步兵披甲两万八千，这些都集中在达素身边，是他打算用来实施厦门登陆作战的部队。
剩下的两万披甲，将负责防守福建漫长的海岸，以防郑成功效法流寇，抛弃厦门又开始在沿海地区流窜。
为了把这从全国抽调来的四万精锐步骑送过厦门海峡，顺治同样还为达素征召了全天下最有战斗力的水师，现在停靠在泉州外的清廷水师甚至还有山东登州的战舰；无论是来自两广、还是浙江、山东，被抽调来泉州的都是海船大舰，由最有名的水师军官指挥。现在泉州港集中的清军大舰就有一千多艘，水兵一万余人，规模还在蒙古灭宋的崖山一战之上。
和崖山一战相同，满清也启用汉人作为水师统帅，这次跟随达素前来福建的有黄梧、施琅二人。
黄梧本是郑成功海澄守将，曾和另一人因为怯战被郑功成问罪，根据郑成功的规矩，会给部下一次机会，所以另一将被处死，而黄梧被勒令戴罪立功。郑成功大将余新就曾遇到和黄梧一样的情况，从此每战都拼死向前，积功成为郑成功前锋大将，和甘辉并称延平郡王左膀右臂。而黄梧则不同，他没有和清军死战不退的决心，便献城给清廷——海澄是郑成功经营多年的坚固据点，黄梧的背叛给郑成功带来惨重损失。
施琅少年时因为族叔施福的关系投入郑芝龙军中，清军南下后他们叔侄二人是坚定的主降派，为此曾和还是监生的郑成功发生过激烈争吵，最后郑芝龙不顾郑成功劝说，带着施琅等人向满清投降。投降后，施琅使出吃奶的力气帮助清军攻打南明，参与了对张家玉、陈子壮的剿杀，并在其中多立战功，在普遍避战的闽军中，施琅卖力的表现可谓独树一帜。后来随着郑成功的不断劝说，大批原闽军纷纷反正，重新投入明军旗下，但施琅依旧坚定不移地站在清军一边积极向永历朝廷发起进攻。
李成栋反正后，两广的清军纷纷响应，重新加入明军序列，只有施琅仍心如铁石，虽然已经成为孤军仍一心效忠满清，带着万余军马奋力突围。在李成栋的围追堵截下，施琅的部下不断减少，最后只剩数百人时，施琅仍拒绝投降明军，突破闽军层层拦截到潮州意图夺船返回清军控制区，结果被郑成功堵住。
走投无路的施琅投降郑成功后，就开始专心致志地劝说郑成功与其他派系的闽军内讧，从郑联到郝尚久，郑成功所有与南明不同派系的军队的冲突中，无一例外都有施琅的谋划、教唆和参与。而在郑成功与清军交战时，施琅则绝不同行，不但用托梦来劝阻郑成功，跟在三军中散播凶兆言论，最终被忍无可忍的郑成功免去部分职务。
矛盾最终爆发是因为郑军大将曾德的举报，当时郑成功出外与清军作战，施琅帐下的将领曾德是坚定的主战派，也是郑成功派在施琅军中的心腹，他突然自施琅军营中逃归郑府，称亲清派施琅图谋不轨。得知此事后，施琅出动军队强攻郑成功的府地，击败郑成功留在家的卫队，冲入郑府将曾德抓住杀害。急忙返回的郑成功收押了施琅的父、兄，勒令施琅投降，施琅闻讯潜逃去满清统治区，郑成功将其族人处死。
施琅手下大将刘国轩在施琅潜逃后，向郑成功赌咒发誓说他不知此事，得到了郑成功的宽恕，但从此不再给他军权。在邓名的前世，刘国轩后取得了郑经的信任，此人在三藩之乱的表现和施琅有异曲同工之妙，一味劝说郑经与耿精忠、尚之信内讧，而且作战极为英勇，但与清兵交战时就能临阵脱逃。郑经死后，刘国轩支持冯锡范火并大公子，从而得到了冯锡范的信任，掌握了澎湖的兵权。施琅闻讯当即前来攻打，澎湖经过郑成功、郑经父子的经营，有坚固的水营和大量的火炮，当施琅前军抵达时，刘国轩不顾全军将领的要求，拒绝出去攻打兵力薄弱的清军前锋，理由是有这样坚固的炮台和水营，没有必要和施琅打海战；等施琅全军抵达，兵力超过明军后，刘国轩强令明郑水师放弃坚固的炮台出海去强攻严阵以待的施琅部，见水师战败、数万将士牺牲后刘国轩立刻带着留守部队把澎湖炮台和营地献给施琅投降，这直接导致了明郑的覆灭——刘国轩在战后被清廷授予实缺总兵。
这次由达素负责的对郑成功剿杀战中，黄梧和施琅各有工作范围，前者负责领着亲兵清剿郑成功在福建的密探——之前黄梧是海澄守将，郑成功部署在大陆上的情报系统他都有所了解；而施琅则负责指挥水师作战，他以前曾是厦门水师的指挥官，对郑成功的水营布置了如指掌，至于厦门的潮汐时间、各处的浅滩、暗流施琅也有胸有成竹。
在这次对郑成功的围剿上，黄梧和施琅倒是有不同的意见，黄梧偏向于缓攻，认为只要把大军驻扎在厦门对岸，就能威慑郑成功让他不敢带着主力远离根本——在黄梧看来，郑成功最大的优势就是可以威胁整个东南沿海，只要不然郑成功发挥出这个长处，那么郑成功就得呆在厦门这个弹丸之地和满清拼消耗——这胜负显然一目了然。
但黄梧的消耗战思路并不符合达素和施琅的愿望，达素麾下是禁旅八旗、绿营精锐和五省水师，这么豪华的阵容和强大的兵力，让达素充满了必胜的信心，若是采用黄梧的消耗政策还不知道要和郑成功耗到什么时候去。施琅同样不同意这个意见，因为正是因为施琅支持主动进攻，才有机会执掌五省水师，若是黄梧的缓攻战略成立，那清廷就没有必要立刻授予施琅这样的大权了。
而且从兵力对比上看，郑成功的战船大约有五百五百艘，清军的水师拥有二比一的优势，而且清军的战舰都是从全国抽调来的大船，而郑成功大小都有，细算起来，清军的水师力量是郑成功的三倍以上——无论郑成功如何善于经营海贸，他一人之力还是难以与全国的造船能力相比。
从战术上看，郑成功不但需要与清军主力交战，还需要防备清军的四万披甲登陆，而反观清军一方，只要能让大批陆军完成登陆、或是水战击败郑军主力都可以宣告胜利——就算阻止了满清主力立刻登陆，只要让清军取得了厦门附近的完全制海权，郑成功也只有灭亡一途了。
因此施琅坚决主张立刻决战，立刻解决郑成功问题，施琅充满信心地对清廷和达素保证，凭借这样巨大的水师优势、再针对郑成功首尾难顾的弱点出击，只需要付出很小的代价就能取得全胜。然后五省水师东返，抹平舟山明军反抗势力也是易如反掌之事。
在达素的支持下，顺治朝廷否决了黄梧的缓攻战略，采用了施琅的急攻之策。