舟山，五月初甘辉、余新、万礼就从台湾逃到了这里，他们离开后郑袭向郑经投降，被郑经迁移到了厦门居住。
虽然甘辉等人本想只身出逃，但追随者还是不少，本部共计有船只二十艘，兵将五百余人，全都是甘辉等人的心腹，因为忠于主将或是害怕受到牵连而跟着逃来。南京之败导致这三个人的势力大减，不然跟着他们一起逃跑的人或许还会更多。除了这些延平藩的兵马外，还有一万多广东渔民，都是周玉的手下，他们先是被甘辉解救到台湾，甘辉出逃的时候，他们中的大部分人自愿再次出海，跟着甘辉来到舟山。
逃来的郑军嫡系只有五百人，算上家属也不过千余人，张煌言倒是安心不少。人数不是太多，舟山收留了他们也不算太大的事，郑经多半也会卖舟山一个面子，不至于穷追不舍，一定要张煌言把人交还，毕竟现在双方还是并肩作战的抗清盟友；如果甘辉他们带来上百艘舰船，两、三千精兵，郑经说不定就会担心留下后患，坚持要舟山尽到同盟的义务，向金厦移交叛逆了。
得知郑成功去世后，张煌言伤心不已，在邓名的前世，张煌言就为此丧失了斗志，解散了军队，决心以死殉国。不过现在张煌言虽然悲伤，但并没有绝望，不但没有解散军队，反倒积极筹划如何把郑成功先前的那副担子也承担起来。
郑成功生前最主要作用就是牵制住了清廷部署在广东、福建的重兵，现在金、厦既然还在明军手中，郑经还在两地驻扎着数万人的军队、近千艘战舰，那张煌言觉得闽粤的清军重兵和耿、尚两藩还不能东进或是北移——这个战略负担张煌言觉得暂时还不需要自己去接替承担。
在暗暗松了口气的时候，张煌言又想到了郑成功的第二个作用，那就是控制海贸，为明军寻找军费来源。在本月初，暂住在舟山的日本人寻找各种借口回国，这无疑是个不详的征兆；而本来客客气气想寻求合作的荷兰人，也先后扬帆离港。他们当然不敢明说，但荷兰人认为郑成功去世后，巴达维亚议会多半会再次改变东亚的政策，重新倾向于与明军开战——他们猜得不错，在邓名的前世，在了解了最新的进展后，巴达维亚就决定和满清合作，拒绝向明军缴纳海峡通行税，并动用武力保卫通航权、争夺对日贸易权。随着金、厦易手，明军也确实失去了对海峡的控制，台湾的收入转而依赖屯垦收入。
张煌言虽然嗅到了危险的气味，不过危险还没有立刻变成现实，而且东南的形势让张煌言特别担忧，因此也没有时间仔细考虑海贸的问题。张煌言对控制航线和开展贸易的重视程度远远比不上郑成功和邓名，在张煌言看来，贸易只是在失去陆地根据地后不得已而为之的备用筹款方法罢了——就比如瓷器吧，如果不能把江西景德镇控制在明军手中，张煌言就感觉睡觉都不踏实。
虽然邓名几次率领川军打到江南，但清廷在东南的官吏都觉得邓名来一趟不容易，光是看看地图就能知道四川是多么遥远，而且还有周培公这样的年轻将星成长起来——虽然大家都清楚周培公在面对邓名时多半只能自保，但有这么一个宿敌在，邓名总不能一点顾忌都没有吧，说不定下一次他就被周培公成功伏击了。对东南各省具有强大威慑力的人还是郑成功，现在延平郡王去世了，张煌言觉得自己必要肩负起震慑江南清军的任务了。
“保国公已经进入江南了。”张煌言对甘辉说起他刚得到的这个情报时，满脸都是兴奋之色。
舟山的实力明显不能和郑成功相比，从三月底、四月初开始，东南清军官府的态度变得越来越恶劣，对舟山、崇明的走私船只查抄变得越来越频繁和肆无忌惮。孤掌难鸣的张煌言根本没有报复的实力，只能被动地提高警惕，在舟山进行戒严的时候通知崇明的马逢知多加小心。
见到舟山无力反击后，东南官府的气焰就更加嚣张，无论是蒋国柱还是林启龙，他们对手握数万精兵和十几万大军的邓名和郑成功畏之如虎，但面对舟山和崇明时，欺软怕硬的面目就暴露无遗。在南京多次蛮横无理地撕毁条约，搜查抢夺舟山的货船后，张煌言还给周培公去过信，提醒周培公休要欺人太甚。
不过周培公对舟山也是态度暧昧。后来淮安来了一个林启龙的使者，带来了漕运总督的口信，表示可以维持邓名临走时替崇明争取到的河道通行权，不过舟山方面必须提高税费，而且有很多货物都不可以走私，必须出售给漕运衙门，因为林启龙打算进行垄断。以后河道方面还会发布更多的专卖货物名单，舟山必须严格遵守，否则林启龙不能保证进入运河的崇明走私船的人员安全。蒋国柱虽然还没有提出明确的要求，不过估计也会和林启龙一样对崇明敲诈勒索。张煌言若是不答应他们的条件，邓名托付给他的航运贸易恐怕立刻就要出大问题；而如果答应的话，他又担心东南清廷官府得寸进尺，甚至要明军交还崇明——无论蒋国柱还是林启龙，都不是什么信守诺言的君子。
四月底，邓名东征至湖广的消息传遍江南后，林启龙和蒋国柱就再没提出过新的要求；五月初，先是崇明送来报告，马逢知称河道官兵和两江官兵都停止了搜捕走私船的活动，还交还了早先被抢走的船只和人员；然后张煌言就听说邓名于上个月六日离开武昌，上个月底已经兵临九江的消息。
就在几天前，林启龙送来了几颗人头，其中一颗就是属于上次趾高气扬来舟山的那个漕运总督衙门的使者的。这次来送信的河道官兵对张煌言卑躬屈膝，称被杀的这个家伙根本不是林总督的心腹，上次来舟山是假冒林启龙的使者，意图离间舟山、淮安之间的传统友谊——火眼金睛的漕运总督已经查明，这个家伙其实是清廷的细作，将其诛杀后，特意把首级送来舟山，就是为了打消张煌言的疑虑。漕运总督再次重申，他绝不会擅自修改与邓名、张煌言达成的协议中的任何一条。看到那颗人头时，张煌言就怀疑邓名更加靠近南京了，果然今日就收到了关于川军的新消息。
“保国公已经兵临太平府，不日就可以再次进抵南京城下，是不是占领扬州、切断漕运也只是在保国公一念之间。”张煌言又对甘辉等人说道。
甘辉等人都拍手称快，他们来舟山一个多月，目睹了东南清军气焰如同过山车一样的变化。现在三人只恨手中的兵马太少，完全帮不上张煌言的忙。
正在几个人兴高采烈之时，突然有传令兵急匆匆地赶来，报告海面上发现了庞大的舰队，这支舰队从西南开来，十有八九是郑家的水师。这个消息让张煌言等人的笑容都僵在了脸上。片刻后张煌言和甘辉等人都赶到了岸边瞭望，果然见到密密麻麻的风帆正向舟山这边开来。