从二十三日发起攻击后，莱州府的县城在月底前就被扶清灭明军尽数攻破。控制县城后，高云轩等大侠得到了不少补充，而且让更多缙绅加入了山东扶清议院——如果不参加议院，扶清灭明军就不保证他的安全。如果是邓名威胁说哪个缙绅不支持他的军队就号召大盗去洗劫他家，多半会名声名狼藉；但现在是山东缙绅议院的决议，那就完全不一样了，上了贼船的缙绅们和大侠们颇有同仇敌忾之感：大家一起下水，一起等招安，谁也别想在边上闲着。
在扶清议院中，邓名竭力宣传他那套“要想当大清的县令，就要攻破大清的县城；要想当大清的知府，就要攻陷大清的府城！大丈夫顶天立地，就算拿不下整个山东当总督，也要全取胶东捞个巡抚耍耍。”
很多缙绅因为被议院宣布为“不受大清律保护的人”，不得不加入扶清议院，然后也生出了一不做、二不休的感觉，既然都扶清灭明了，那也只有和明军干到底了，用刀逼着清廷不得不宽大处理自己。
因此扶清议院通过的决议越来越激烈，十一月六日，扶清灭明大军包围了清军占据的莱州首府。
城内绿营总兵派人出城请求投降，表示愿意充当中间人，替扶清议院和扶清灭明大军向朝廷传达他们想被招安的诚意。确实有几个人因此产生了动摇，但邓名立刻告诉他们，一个总兵的分量不够，而且这么一点位置也不够大伙儿分的；邓名更进一步指出，如果不消灭了正牌的清廷莱州知府和莱州绿营，那扶清议院的缙绅就不用指望清廷用莱州知府来招安他们，而等待扶清灭明大军的也只能是解散，而不是变成货真价实的莱州绿营。
扶清议院和扶清灭明军痛感大明保国公的看法极有见地，于是通过决议不与清廷地方军政机构议和，坚决消灭大清莱州知府衙门和绿营。
七日，扶清灭明大军在炸开城墙后，不费吹灰之力就打垮了城内的清军——无论是大侠还是缙绅，都是扶清灭明军的支持和赞助者，与这个同盟比起来，大清莱州知府的力量实在是弱不禁风。看到城墙被破后，早已经和大侠有联系或是和缙绅有关系的绿营军官，纷纷阵前倒戈，然后如愿以偿地被整编为扶清灭明军，等时机成熟，还可以指望一起被招安，恢复正牌绿营的身份。
攻破莱州后，扶清灭明军的形势一片大好，缙绅发现祖泽溥在失去督标和提标后已经外强中干，除了嚷嚷要朝廷派援兵外更无一策。扶清议院在莱州城中通过新的决议，凡是在规定时间内不参加扶清议院的缙绅，从此以后不仅仅是被宣布为“不受大清律保护的人”，而是要被视为“扶清”大业的敌人，要出动扶清灭明大军把这些通邓的嫌疑份子予以剿灭。
在当天的会议上，缙绅议院还征求了邓名的意见，询问他对登州清军的实力判断。当从邓名口中得到登州军可以被击败的保证后，扶清议院就宣布，在栖霞包围于七的登州清军为叛贼、涉嫌通邓，因为他们居然不承认扶清灭明军的正义性和合法性，还在与莱州府的通信中蔑称议院为贼。扶清议院在决定出兵剿灭通邓的登州清军的同时，还宣布于七是被小人陷害的扶清同道，扶清议院此行的目的之一就是解决于七和他的十几万义军，欢迎他加入到轰轰烈烈的扶清大业中来。
八日，陈情奏章在欢呼声中离开莱州城的西城门，由快马送往济南。在奏章里，扶清议院向山东总督祖泽溥解释了他们的不得已，揭露了登州绿营假忠诚、真通邓的面目。在奏章被送走的同时，扶清灭明军就从东门开出，浩浩荡荡地前去登州，讨伐背叛朝廷的文武官员，拯救大清忠臣于七等人。