此辈日在左右，其小忠小信，足以固结君心。及其久也，假窃威权，以干政事，遂至于不可抑。自古以此辈乱者多矣。今立法不许寺人干预朝政，决去之，所以惩将来也随后规定内臣不许读书识字。洪武十七年（公元1384年），特铸一个铁牌，上刻文字：“内臣不得干预政事，犯者斩。”置于宫门之中。又敕令诸司，不得与内官监文移往来。自古以来，对宦官之禁，未有如明太祖之周备。当时有个御用监名叫杜安道，以镊工侍太祖数十年，朝中许多机密计议他都知道，但他个性慎密，严遵太祖的禁令，在诸大臣面前仅一揖而退，从不启口泄漏机密。太祖对他很宠爱，但不给予优遇，后来迁出为光禄寺卿。
洪武末，太祖重新整顿宦官机构，定十二监及各司局，并制定宦官的品秩和待遇。《明史·宦官传序》说：
明太祖既定江左，鉴前代之失，置宦官不及百人。迨末年颁《祖训》，乃定为十有二监及各司局，稍称备员矣。然定制，不得兼外臣文武衔，不得御外臣冠服，官无过四品，月米一石，衣食于内庭。
后来宦官设置不断增多，《明史·职官志三》说：“宦官……十二监、四司、八局，所谓二十四衙门也。”其机构之庞大，为历代所无。因各监、司、局官称职掌繁杂，特制二十四衙门官制之简表以说明。
此外又有内府供应库，设掌印太监1员，掌宫内及山陵等处内官食米及御用黄蜡、白蜡，沉香等。凡油蜡各库均属之；司钥库，设掌印太监1员，掌大内库藏，凡金银及诸宝货总隶之；十库：甲字，掌贮银朱，黄丹，乌梅，藤黄，水银诸物。乙字，掌贮奏本等纸。丙字，掌贮丝绵，布匹。丁字，掌贮生漆，桐油等物。戊字，掌贮所解弓箭，盔甲等物。承运，掌贮黄白生绢。广盈，掌贮纱罗诸帛匹。广惠，掌造贮巾帕，梳笼、刷抿、钱贯、钞锭之类。赃罚，掌没入官物；御酒房，设提督太监1员，掌造御用酒；御药房，设提督太监正、副2员，掌御用药饵，与太医院官相表里；御茶房，设提督太监正、副2员，职司供奉茶酒、瓜果及进御膳；牲口房，设提督太监1员，掌收养异兽珍禽；刻漏房，设掌房1员，掌管每日时刻，每一时即令直殿监官入宫换牌，夜报刻漏，更鼓房，有罪内官职司之；甜食房，设掌房1员，掌造办虎眼，窝丝等糖及诸甜食（隶御用监）；弹子房，设掌房1员，专备泥弹；灵台，设掌印太监1员，掌观星气云物，测候灾祥；绦作，设掌作1员，掌造各色兜罗绒及诸绦绶（隶御用监）；盔甲厂（即旧鞍辔局），掌造军器；安民厂（旧名王恭厂），设掌厂太监1员，掌造铳炮、火药之类。又午门，东华门，西华门，奉天门，玄武门，左、右顺门，左、右红门，皇宫门，坤宁门，宫左、右门以及东宫春和门，后门，左、右门，皇城、京城内外诸门等，各设门正1员，司晨昏启闭，关防出入。还有提督东厂，设掌印太监1员，掌刺缉刑狱之事。旧选各监中一人提督，后专用司礼监之秉笔第二人或第三人为之。其贴刑官，则用锦衣卫千百户为之。提督西厂（不常设），提督东营（代宗景泰元年〔公元1452年〕始置）；文书房，设掌房10员，掌收通政司每日封进本章，及各藩所上封本，其在外之阁票，在内之搭票，一应圣谕旨意御批，俱由文书房落底簿发，凡升司礼者，必由文书房出；礼仪房，设提督太监1员，掌一应选婚、选驸马以及皇太子女诞生，选择乳妇诸吉礼；中书房，设掌房1员，掌管文华殿中书所写书籍、对联、扇柄等件，承旨发写，完日奏进；御前近侍，包括乾清宫管事，打卯牌子，御前牌子，煖殿，管柜子，赞礼，答应长随，当差听事，拏马，尚冠、尚衣、尚履等，皆属近侍；南京守备，设正、副守备太监各1员，关防一颗，护卫留都，为司礼监之外差；天寿山守备，设太监1员，辖各陵守陵太监，职司护卫；湖广承天府守备，设太监1员，辖承德、荆、襄地方，护卫兴宁；织造，南京，苏州，杭州各设提督太监1员，掌织造御用龙衣；镇守（镇守太监始建于洪熙，遍设于正统），各省各镇均有镇守太监，嘉靖八年后革。市舶，广东、福建、浙江三市舶司各设太监提督，后罢福建、浙江，惟存广东司；监督仓场，各仓各场俱设监督太监；诸陵神宫监，各陵俱设神宫监太监守陵。在外的临时差遣有监军、采办、粮税等等名目，不胜枚举。
建文帝嗣位，一遵祖训，对内臣的限制更加严格，据《明史·宦官传序》载，惠帝诏内臣“出外稍不法，许有司械闻”。成祖初临朝，也警惕宦官擅权，《明史·职官志三》载，他曾说：“联一遵太祖训，无御宝文书，即一军一民，中官不得擅调发。”当时有个宦官私自调用应天府工匠为其服役，事发后，成祖立即诏命锦衣卫逮捕治罪。但不久，这些禁令全部破坏了。《明史·职官志三》说：
顾中官四出，实始永乐时。元年（公元1403年），李兴等■敕劳暹罗国王，此奉使外国之始也。三年（公元1405年）命郑和等率兵二万，行赏西洋古里、满刺诸国，此将兵之始也。八年（公元1410年），敕王安等监都督谭青等军，马靖巡视甘肃，此监军、巡视之始也。
至洪熙元年（公元1425年），仁宗派遣郑和领下番官军守备南京。从此以后，宦官领兵之例便相沿不革。同时又派王安镇守甘肃，于是，各省镇皆相继派宦官为镇守。宣德四年（公元1429年）宣宗特于宫中设内书堂，命大学士陈山专授小内使书，从此，太祖不许内臣读书识字之制也被废除了，甚至特赐金英、范弘等宦官免死诏，这简直无异于勋臣之丹书铁券。从此，宦官威慑朝臣，权倾内外，例如英宗时之王振，宪宗时之汪直，武宗时之刘瑾，熹宗时之魏忠贤，更是作威作福，独擅朝政。至于神宗时之矿税使，简直无处不受其害。宦官不仅有权有势，仗势欺人，而且可以荫弟、荫侄、封伯、封公，所以一些利欲熏心之辈，皆争相自宫（自割其生殖器）以备其选。据沈德符《万历野获编补遗》记载，正德二年（公元1507年）九月，武宗曾严申自宫之禁，但有潜留京师者论死。由于当时宦官格外宠幸，愚民不受其禁，不少人阉其子孙以图富贵，有的一村中自宫者数百人。嘉靖、隆庆以后，自宫的人数越来越多。
宦官权势日张，操持国柄，为祸酷烈，终导致明朝灭亡。
十、在京的其他机构
明代的卿寺，如太常寺、光禄寺、大仆寺、鸿胪寺等建置皆如前代。只有尚宝司是增设的，其职掌据《明史·职官志三》说：
凡宝之用，必奏请而待发。每大朝会，本司官二员，以宝导驾，俟升座，各置宝于案，立待殿中。礼毕，捧宝分行，至中极殿，置案而出。驾出幸，则奉以从焉。岁终，移钦天监，择日和香物入水，洗宝于皇极门。籍奏一岁用宝之数。凡请宝、用宝、捧宝、随宝、洗宝、缴宝，皆与内官尚宝监俱。