这些职务在古代只属于门下省的一小部分工作，而明代却特立机构，并以卿（正五品）、少卿（从五品）各1人为其主官。这个位置专与大臣、勋戚子弟而作为荣宠的。
特设而无专署的，有吏、户、礼、兵、刑、工六科都给事中（正七品），左、右给事中（从七品），掌侍从，规谏，补阙，拾遗，稽察六部百司之事。凡制敕宣行，大事覆奏，小事署而颁之；若有失误，则封还执奏。凡内外所上章疏，分类抄出，参署付部，并驳正其违误。六科于乡试时充考试官，会试时充同考官，殿试时充受卷官。册封宗室，诸蕃或告谕外国时，则充正，副使、六科与御史同有言责，所以经常不免互有袒护而产生矛盾。习惯上以御史为台，以给事中为垣，台垣不相容是明代政局中的奇特现象。
中书科，有中书舍人20人（从七品），直文华殿东房中书舍人，直武英殿西房中书舍人，内阁诰敕房中书舍人，制敕房中书舍人（并从七品，无定员）。其名虽与古代之中书舍人相似，而实际职掌则不同。中书科舍人掌书写诰敕，制诏，银册，铁券等事。文华殿舍人，掌奉旨书写书籍。武英殿舍人，掌奉旨篆写册宝，图书，册页。内阁诰敕房舍人，掌书办文官诰敕，翻译敕书，并外国文书，揭帖，兵部纪功，勘合底簿。制敕房舍人，掌书办制敕，诏书，诰命，册表，宝文，玉牒，讲章，碑额，题奏，揭帖一应机密文书，以及各王府敕符底簿。总之，这些舍人实际任务只是照例书写诰敕而已，此外并没有什么重要职权。中书舍人建于永乐初年。《明史·职官志三》载：
洪武间，置承敕监，司文监，考功监，参掌给授诰敕之事。永乐初，命内阁学士典机务，诏册、制诰皆属之。而誊副、缮正皆中书舍人入办，事竣辄出。宣德初，始选能书者处于阁之西小门，谓之西制敕房。而诸学士掌诰敕者居阁东，具稿付中书缮进，谓之东诰敕房。正统后，学士不能视诰敕，内阁悉委于中书、序班、译字等官，于是内阁又有东诰敕房。
这就是内阁诰敕房及制敕房中书舍人的由来。若从其沿革看，似乎是古代中书舍人演变而降为低级。至于直文华殿东房，武英殿西房中书舍人，最初为内官之职，继而以中书分直，最后则选择能书者充任。其地位更为卑微，舍人大约有两方面，《明史·职官志三》说：
大约舍人有两途：由进士部选者，得迁科道部属，其直两殿，两房舍人，不必由部选，自甲科、监生、生儒、布衣能书者，俱可为之。不由科甲者，初授序班，及试中书舍人，不得迁科道部属，后虽加衔九列（卿），仍带衔办事。
中书舍人这一官，性质十分难辨，明代制度，富家子弟，尽管一无所能，但可用资捐得一中书舍人，再加一卿衔，便俨然成为高官显爵。如与唐、宋之舍人相较，则有天渊之别。沿至清代，虽不至如此之滥，而中书科中书（删去“舍人”二字）只以荫生，贡监补授，至于内阁中书，则几乎是非进士不可补。
明代又有行人司，洪武十三年（公元1380年）初置，设行人，秩正九品。左、右行人，从九品。不久，改行人为司正，左、右行人为左、右司副，另设行人345人。洪武二十七年（公元1394年），升司正为七品，左、右司副为从七品，行人为正八品，职专捧节，奉使之事。《明史·职官志三》载：
凡颁行诏赦，册封宗室，抚谕请蕃，征聘贤才，与夫赏赐，慰问，赈济，军旅，祭祀，咸叙差焉。每岁朝审，则行人持节传旨法司，遣戍囚徒，送五府填精微册，批缴内府。最初多由孝廉充任行人，奉使常不称旨。后定行人司官40员，全在进士中选授。非奉旨不得随便派遣。从此，行人之职才受到重视。
十一、卫所和五军都督府
军队是国家政权的主要组成部分之一，因此，明初的统治者也特别注意对军队的管理和建设。朱元璋建立了卫所制度。《明史·兵志》云：“自京师达于郡县，皆立卫所”。在军事上重要的地方设卫，次要的地方设所。当时明朝约有军队二百万，都编置在卫所中，大抵每112人编为一个百户所，1，120人编为一个千户所，5，600人为一卫。卫所的军官称卫指挥、千户、百户。军户皆另立军籍，是世袭的。精锐的军队多驻在京师，朱元璋在南京一带设有48个卫，有军士20余万人，朱棣在北京设72个卫。
明代初年置行枢密院，太祖自领之。又置诸翼统军元帅府。不久，罢枢密院，改置大都督府，以朱文正为大都督，统领中外诸军事，下设司马、参军、经历、都事等官。明代定制，大都督府、大都督为从一品，又有左、右都督，正二品；同知都督，从二品；副都督，正三品，佥都督，从三品；经历从五品，都事从七品，统军元帅府元帅正三品，同知元帅从三品，副使正四品，经历正七品，知事从八品，照磨正九品。不久罢统军元帅府。洪武十三年（公元1380年），在废丞相制的同时，为防止军权的过分集中，也废大都督府，改为中、左、右、前、后五军都督府，分别管理京师及各地卫所。五军都督府各设左、右都督，正一品；都督同知，从一品；都督佥事，正二品。以中军都督府断事官为五军断事官。洪武十五年（公元1382年），置五军十卫参军府，设左、右参军。洪武十七年（公元1384年），五军各设左、右断事2人，提控案牍1人，并从九品。二十三年（公元1390年），升五军断事官为正五品，总治五军刑狱。分为五司，每司设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信5人，均为正七品，各理其军之刑狱。同时，朱元璋为了防范统军将领的专权，又规定五军都督府对军队无调遣权，其调遣之权由皇帝直接掌管；兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。每逢战事，由皇帝临时委派专人担任总兵官，统率卫所部队出征，战事结束，总兵归还将印，军队归还卫所。兵权始终掌握在皇帝手中，这是朱元璋从军事上加强和巩固皇权的重要措施。
在京各卫，称为京卫。京卫有上直卫，南京卫，北京卫，品秩相同。各有掌印、佥书。上直卫的亲军指挥使司有26个卫，即锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫（以上12卫，洪武中置），金吾左卫、金吾右卫、羽林前卫、燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫（以上10卫，永乐中置）、腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫（以上4卫，宣德八年置）。其中锦衣卫掌侍卫，缉捕，刑狱之事，常以勋戚都督领之，恩荫寄禄无常员。凡朝会，巡幸，则具卤簿仪仗，率领大汉将军（共1，507员）等侍从扈行。宿卫则分番入直。锦衣卫名为宿卫扈从，实则假侦事之权，以欺压平民及一般官员，最为专横跋扈，特异于其他各卫。