留守5卫：旧为都镇抚司，总领禁卫，先属于中书省，后改隶大都督府，设都镇抚（从四品），副镇抚（从五品），知事（从八品）。旋即改称宿卫镇抚司，设宿卫镇抚，宿卫知事。洪武三年（公元1370年）改留守卫指挥使司，专领军马守御各城门，及巡警皇城与城垣造作之事。后升为留守都卫，统辖天策、豹韬、飞熊、鹰扬、江阴、广洋、横海、龙江、水军左、右10卫。洪武八年（公元1375年），复为留守卫，与天策等8卫，俱为亲军指挥使司（惟水军左右卫为指挥使司）并隶大都督府。洪武十一（年公元1378年）改为留守中卫，增置留守左、右、前、后4卫，仍为亲军。洪武十三年（公元1380年）始分隶五都督府。
南京另有一套军职：
南京设守备1人，协同守备1人，参赞机务1人。守备，以公、侯、伯充任，兼领中军都督府事。协同守备，以侯、伯、都督充之，领五府事。参赞机务，以南京兵部尚书领之，其治所在中府，掌南都一切留守、防护之事。
南京五都督府为：左、右都督，都督同知，都督佥事，不全设。其掌印、佥书，皆以勋爵及三等都督充任。分掌南京卫所，以达于南京兵部。
南京卫指挥使司，王府护卫指挥使司：设官皆如北京卫司。
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