韩瑗和来济被贬后，李治令许敬宗顶了来济的位置。而武皇后的另一心腹李义府同样已进入宰相集团。
如此一来，武皇后的两个心腹都处于宰相集团，她再想发布什么诏令，终于可以畅通无阻了。
看着昔日的同僚一个个被冤枉流放，国舅长孙无忌清晰的看到，先帝时所重用的大臣已经一个个被瓦解，下一个，应该就轮到我了吧。长孙无忌坚持着“达则兼济天下，穷则独善起身”的原则，自武皇后正位中宫后，他除了上次为韩瑗和来济求情，再未对朝政发表过与皇上相违背的意见。
如今他已经不被重用了，长孙无忌感到自己在政治上再难有所作为，既然如此，就退回到书卷中，修身养性罢。
至显庆四年，长孙无忌已领衔完成了武德和贞观两朝的国史共八十卷。梁、陈、北周、北齐、隋的志共三十卷。既然朝堂如此，即便真有一天遇害，至少还有著作流传于世。他淡然的想着。此时长孙府的管家来报，“老爷，不好了！”
长孙无忌皱眉问道：“怎么了？”
管家小心翼翼道：“陛下下了诏书，将长孙尚书贬去荆州……”长孙尚书是长孙无忌的堂兄，当今的工部尚书。
长孙无忌失神，手中的笔落下也不自知，良久，叹道：“自表弟高履行被贬，我就该料到今天了。”他们这是要剪我的羽翼呀！他知道，一场暴风雨即将到来。自年少时跟随先帝，打下这大唐江山，难道上天真的要亡我吗？我可是皇上的舅舅呀！可，连他自己也知道，历朝历代，将屠刀伸向自己亲人的皇帝，难道还少吗。
显庆四年四月，洛阳人李奉节上奏告状道：“太子洗马韦季方和监察御史李巢结交权贵，共结朋党。”李治将此奏折递给武媚娘道：“媚娘，你看怎么办？”
武皇后接过奏折，眉间闪过一丝狡黠，等了这么久，机会终于来了。她对李治道：“既有此弹劾，就将它交给许敬宗审理。”
许敬宗素日揣摩武皇后的心意，当他接到这个案子，他就已经知道皇后和皇上想要的是什么。
监狱大牢中，经历了严刑拷打的韦季方和李巢已经被折磨的不成人形。此时李巢已经奄奄一息，只有韦季方还有意识。许敬宗坐于案前，问道：“你说，你是不是与长孙国舅勾结？”
韦季方只觉这声音仿佛魔鬼一般，他是个老实人，虚弱地道：“小的不过一个五品官员，哪里高攀得上当朝宰相呀！”
许敬宗道：“还敢嘴硬？再给我打！”
韦季方不堪折磨，欲撞墙而死。“给我拉住他！”许敬宗喊道，“好呀，我知道了，看来你是想畏罪自杀呀！”
许敬宗当日便去甘露殿上报皇上皇后，“陛下，娘娘，案件已经审出。”
武皇后道：“快说，如何？”
许敬宗道：“这并不是一个简单的朋党案那韦季方已经招了，说是与当今国舅，长孙无忌勾结，欲结成朋党，意图谋反。如今那韦季方看到阴谋败露，已经畏罪自杀了。”
李治道：“舅舅被小人所挑拨，可能确实对我有猜疑，可他怎么会走到谋反这一步呢。”
武皇后看了许敬宗一眼，既然皇上已经亲口说出谋反二字，许敬宗你只需要给此事定性便可以了。许敬宗会意，对皇上道：“陛下，如今韦季方已经招认，陛下您怎么可以再怀疑呢，这就是谋反呀！您若如此迟疑，恐怕非社稷之福呀。”
李治听了，流下眼泪道：“家门不幸，永徽三年高阳公主和房遗爱谋反，如今舅舅也要谋反……如果这事是真的，该怎么处理呢？”
许敬宗道：“高阳公主和房遗爱在朝堂的威信力远不如国舅，很难成事。而国舅自年少就追随先帝，又当了三十年宰相，在朝堂上很有威望，陛下如果不早作决断，来日他振臂一呼，追随他的人都一同谋反，到那时候，陛下应该怎么办呢？”
见皇上默认了，武皇后道：“本宫还记得，当年高阳公主谋反，长孙国舅处死了很多人，其中包括人望很高的吴王李恪。李恪临死前说，‘长孙无忌窃弄威权，构害良善，宗社有灵，当族灭不久’”，她看了一眼皇上，“想不到这才短短七年，国舅自己却也谋反了。”她又对许敬宗道：“依许大人看，此事该如何处理呢？”
许敬宗道：“高阳公主谋反时，除了吴王李恪，还有荆王李元景，高阳、巴陵二公主，房遗爱、柴令武、薛万彻三位驸马被杀，除此之外，还有一大批宰相、驸马、宗室和将领牵涉其中。臣以为，国舅谋反比高阳公主谋反要更加严重，因此应该更严厉的处理。”
武皇后看着许敬宗，微微点头。李治此时却道：“国舅谋反非同小可，许大人，此案还需继续审理。”
许敬宗偷偷看了一眼皇上，又睨了一眼武皇后。武皇后对许敬宗道：“许大人，你先下去吧，回去再好好想想，此案还有没有继续审理的必要，不能冤枉一个好人，也不能放过任何一个坏人。”
许敬宗早已十分明白武皇后的心意，他此次，却是弄不懂了。回家之后，仔细思索武皇后说的话，“不冤枉一个好人”，武皇后不可能担心长孙无忌是被冤枉的，“不放过一个坏人”，不放过一个坏人……许敬宗躺在床上冥思苦想，终于想出来了。
第二天，许敬宗又去甘露殿朝见皇上，武皇后坐在皇上身旁。
许敬宗道：“臣昨天审理了一晚上，发现这件案子远比臣想的要复杂。”
李治道：“许大人辛苦了，快说说你又有什么发现？”
许敬宗道：“臣原本以为此案只牵涉国舅一人，昨天臣提审李巢，问李巢，先帝和皇上都对国家信任有加，国舅为什么要谋反呢？那李巢说，国舅其实一开始并无反意，全是受了来济，韩瑗，柳奭等人的挑拨。韩瑗曾经对国舅说，他与褚遂良、国舅一同扶持了废太子李忠做了太子，如今太子被废，武后登位，皇上已经不信任您了，您还不早做打算吗？由此，国舅觉得有道理，才日夜和大臣们一起策划谋反。”
“都还有哪些大臣？”武皇后问。
许敬宗道：“韩瑗、来济、柳奭、于志宁，几乎所有的元老大臣都和这个案子有关。”
武皇后看了一眼皇上，只见皇上长叹一声，“哪怕舅舅真的谋反，朕也不能杀他，朕若杀了他，天下人将怎么看朕，子孙后代将怎么看朕？”
许敬宗道：“古人有云，当断不断，必受其乱。无忌今之奸雄，实乃王莽、司马懿之流。安危之际，间不容发，陛下若再拖延，臣只怕生出事端，悔之晚矣！”
李治道：“既然如此，那就削去国舅的太尉头衔和封地，贬为扬州都督，押解到黔州（今重庆彭水）安置。不过，舅舅年事已高，一路上，着各州府发兵护送，朕不忍心看他受苦，衣食待遇，仍按一品大臣的待遇。国舅之子，全部罢官除名，流放岭南。”
诏书已下，长孙无忌从容的脱下官服。说我谋反，而皇上竟连一个与我对峙的机会都不给我，皇上呀，你为何被那武氏蒙蔽至此！
此次谋反案件，不仅长孙无忌，还牵扯到韩瑗，来济，柳奭，甚至不曾发一言的宰相于志宁也牵涉其中。柳奭、韩瑗被赐死，于志宁被贬为荣州刺史。除此之外，所有追随先帝的元老大臣都或贬或罢官。此次牵涉人中，还包括两个驸马长孙冲和长孙诠，他们一个娶了长乐公主，一个娶了新城公主，都是唐太宗与文徳皇后所生，身份如此尊贵，可都没能逃出一死。此次事件是受前太子李忠被废引起，自然李忠也被牵涉其中，他被安置在原来废太子李承乾在黔州的故居里。
三个月后，同年七月，李治又令李勣和许敬宗重审长孙无忌谋反案，许敬宗令中书舍人袁公瑜前往黔州审讯长孙无忌的谋反罪状。袁公瑜曾经在武皇后立为皇后过程中将长孙无忌、褚遂良和裴行俭议论昭仪的言辞密告于武皇后的母亲杨氏，故深得武皇后信任，由一个八品官升至现在的五品。
袁公瑜到了黔州，见长孙无忌依旧从容自若，扔给他一条白绫，对他道：“太尉……哦不，长孙无忌，您便伏法吧。”
“是治儿，要让我死吗？”长孙无忌问道，直到此时，李治还是那个，他看着长大的外省人。
袁公瑜阴笑道：“大人，您聪明一世，难道现在还没看明白吗？皇上不是三岁孩子，您有没有谋反，当他真不知道？”
长孙无忌道：“你的意思是，陛下知道我是被冤枉的？”
袁公瑜道：“当年你啥吴王恪等皇亲时，陛下就开始忌惮你了，难道您还不知道吗？”
长孙无忌道：“当初先帝差点想立李恪为太子而弃陛下于不顾，我杀了李恪，为陛下稳定皇位，有何不妥？”
袁公瑜道：“您的想法没有不妥，可您的做法，让皇上觉得你的权力大过了他。你怎么就不知道，他才是当今圣上，是大唐的主人。你却总以为他还是那个小外甥，动辄教育他反对他，自古以来，除了先帝这样的人物，还有谁愿意去听这些你们自以为的诤言？”
长孙无忌不相信，他帮助了疼爱了这么多年的外甥，是真正想要他命的人，“不，不……不是这样的，陛下，他是受了武氏的谗言才会如此对待我！”
袁公瑜道：“皇后毕竟只是皇后，她为了固宠所做一切不过是想皇上所想，若皇上没有忌惮你的心意，皇后娘娘，她敢这样对待德高望重的当朝国舅吗？”
不，不，长孙无忌后退着，跌坐在地上，他一心在履行对先帝的诺言，好好的辅佐皇上，创造大唐盛世，他做的一切，都是为了皇上，为了国家啊！可是皇上啊，你怎么忍心，这样对待一个扶你登帝位，一切为你着想的人呀！原来，武皇后只是一个幌子，我们这些曾经帮助他的顾命老臣，如今成了他的绊脚石，他要一个一个除去了。
“先帝呀！”长孙无忌长叹一声，捧起白绫，自缢于房梁之上。
长孙无忌死后，其家产被抄没，近亲家属都被流放于岭南为奴婢。