朱元璋击败了张士诚后，便把主要精力放在对付徐寿辉身上，但他明白，自己真正的对手并不是那个虚有其表的徐寿辉，而是他背后那巨大阴影——陈友谅。
在这段时间里，朱元璋做出的两个决策使得他成为了最终的战争胜利者，第一个决策是高筑墙、广积粮、缓称王，正是这个决定让他避开了天下人的注意，当其他农民起义领袖帝王思想膨胀，扯张虎皮做大旗，锅里没几两米就敢开几千人的饭时，朱元璋充分利用了时间，不断发展自己的实力。
另一个决策是在陈友谅和张士诚两个人中间拿谁开刀，当时大家普遍认为张士诚比较弱，希望先对付他，并利用占据的江浙一带土地扩张自己的势力，从而与陈友谅决战。应该说这个决策无论从哪个角度看都是正确的，但朱元璋在此时体现了他的天才的战略眼光。
在实际决策中，不受他人，特别是多数人的意见的影响是很困难的，当许多人众口一辞时，很多人都会从大流，甚至改变自己原来的看法，而朱元璋用他的智慧告诉了人们，真理往往是站在少数人一边的。
朱元璋对他的谋士们说，你们的看法是有道理的，但你们没有看到问题的关键，张士诚的特点是器小，陈友谅的特点是志骄，器小无远见，志骄好生事。如果我进攻陈友谅，张士诚必然不会救他，而进攻张士诚，陈友谅就一定会动员全国兵力来救，我就要两线作战，到时就很难说了。
精彩！真精彩！
如此之见识，此人不取天下，何人可取！
【大战的序幕】
无论怎么躲避，决战这一天终究会到来，这是朱元璋和陈友谅的共识。
至元十九年（公元1359 年），陈友谅已经完全控制了天完国，他的兵比朱元璋多，训练水平也比朱元璋的士兵高，更要命的是，他的长处正是朱元璋的短处——水军。
陈友谅占据了湖北和江西，也就是说，他占据了长江上游，而朱元璋占据的应天是下游，必须要仰首而战，由于他们正好在一条水路上，水战就成为不可避免的战争方式。朱元璋一再避免决战的原因也就在于此。
虽然朱元璋不懂物理，但他也知道拿渔船去和战船决战于水上，无异于自杀。
恰在此时，一件事情的发生使决战提前爆发了。这是朱元璋万万没有想到的。
至元十九年（1359 年）11 月，常遇春率部攻克池州，陈友谅大为吃惊，准备安排部队夺回，但事情泄漏，朱元璋有了准备，命令徐达与常遇春采用伏击方式作战，常遇春与徐达在九华山下设伏，打败了陈友谅的军队，并俘获了三千人。
此时，常遇春的老毛病犯了，他对徐达说，我要杀掉这三千人，徐达坚决不同意，并表示要上报朱元璋，但他没有想到常遇春胆子大到惊人的程度，竟敢不经过请示，连夜将三千人全部活埋了！
常遇春杀降是有目的的，他留下了几个人没有活埋，让他们回去给陈友谅带去了一句话：
我是常遇春，是我打败了你！
麻烦大了。
【陈友谅的愤怒】
陈友谅真的愤怒了，自他从军以来，没有人敢再欺负他，在他面前总是畏畏缩缩的，常遇春何许人也，居然敢向自己挑衅！
他终于动手了，这次不再是小打小闹了，打到应天，把朱元璋赶回去种田！
当然这是朱元璋所不愿意看到的。
这次常遇春是真的把狼招来了。
至正二十年，陈友谅率领他全中国最强大的舰队向应天进发，他的战船名字十分威风，在此要详细说说，分别是混江龙、塞断江、撞倒山、江海鳖等，就差取名为惊破天了。
船名威风，那么战船呢，应该说战船也很厉害，这些战船大都有三层楼高，各种火炮齐备，用这样的船来与朱元璋的渔船打仗是不用攻击的，只要用撞就可以了。
陈友谅在攻击前通知了张士诚，让他夹攻朱元璋，然后他以迅雷不及掩耳之势命令他的无敌舰队向应天出发。
陈友谅指挥作战有个很大的特点，这个人似乎从来不去仔细研究作战计划，而是率意而为，打到哪算哪，这个特点也一直让他为军事专家所垢，但客观看来，这正是他的作战特点，也是他的指挥艺术的精华之处。
连他自己都不知道要攻击什么地方，敌人能知道么？碰到这种不按常理出牌的人，谁能顶得住？朱元璋就吃了他的亏。
当朱元璋得知陈友谅率领大军攻击时，陈友谅的舰队已经攻占了军事要地采石，速度之快，让朱元璋咂舌，而应天最重要的屏障太平现在就孤零零的屹立在陈友谅的十万大军面前，由于没有想到陈的汉军攻击如此迅速，城内只有三千士兵，由花云任统帅，陈友谅在攻击太平的战役中充分显示了他的舰队的可怕实力。
他并没有让士兵去攻城，只是让士兵将船只开到太平城靠江的城墙边，用短梯从容的爬上了城头，一举歼灭了三千守军，当陈友谅的汉军从城墙爬下来时，很多守军还没反应过来，呆呆的看着汉军，他们无论如何想不通，这么高的城墙，还有长江天险，难道这些人是飞过来的？！！
太平被攻破了，应天就像一个赤裸的孩子，暴露在陈友谅的利剑下，陈友谅已经杀了徐寿辉，成为了皇帝，现在他的目标只有朱元璋，仅有一万水军，看似不堪一击的朱元璋。
天下已经在我手里！
看来上天要抛弃朱元璋了，无论从哪个角度来看，他都没有赢的希望，每次当他到玄武湖看到那些破烂的渔船时，总有想一把火把这些垃圾烧掉的冲动。
但事情总是有转机的，就在陈友谅大军南下之前不久，上天送了一份大礼给他，这份大礼是一个人。
【天文学很重要】
至正二十年（1360）四月，朱元璋的部下胡大海攻下了处州，胡大海是一个爱惜人才的将领，他听说附近有几个隐士很有才能，便派人去请，所谓隐士，是指神龙见首不见尾，别人已经吃完午饭，他还在洗脸的那种人，未必真有本事，但不管如何，多拉一个人下水总是好的。
这几位隐士的名字分别是叶琛、章溢、刘基。
前两个人接到邀请，立刻就来了，可是最后的这个刘基是怎么请都不来。
胡大海觉得此人架子太大，不想再去请了，可有人对他说，叶琛和章溢请不请无所谓，这个刘基一定要请，因为这个人懂天文。
今天的人们对天文学的兴趣有限，可在当时，这可是一项了不起的本事，不是什么人都能学的，属于帝王之学的一种，地上的君王们觉得辽阔的土地已经不能满足自己的欲望和虚荣，便把自己的命运和天上的星星联系在一起，出生的时候是天星下凡（一般要刮风下雨），即位时候是紫微星闪耀，被人夺位是异星夺宫，死的时候的是流星落地。
总而言之，都和星星有关，懂这门学问的何止是人才，简直是奇才。
于是胡大海就上报朱元璋，朱元璋甚是感兴趣，便派了一个叫孙炎的人来召刘基，但刘基就是不给面子，逼急了就回赠了一把宝剑给孙炎，这是一个不友好的举动，而孙炎眼见使命不能完成，也急了，撕下了温情的面具，对刘基说了一句意味深长的话：你这把剑应该应该献给天子，天子用剑专门斩杀那些不听话的人（剑当献天子，斩不顺命者）。