【应对】
建文帝就要找上门了，这下子不由得朱棣了，要么造反，要么像他的那些兄弟们一样被干掉。此时的朱棣可谓处境艰难，他连当年的朱重八还不如，朱重八就算不去造反，还可以逃出寺庙，去当盲流，混碗饭吃。可是朱棣却没有这样的好运气。天下是朱允炆的，他还能逃到哪里去呢？
道衍抓住了眼前的这个时机，继续向朱棣推销他的造反理论。
对于这一点，朱棣是早已经习惯了，如果哪一天这位仁兄不说这些大逆不道的话，那才叫奇怪。以往朱棣对这些话还可以一笑置之，因为他很清楚，造反不是吃夜宵，说干就能干的，这个唯恐天下不乱的和尚身无长物，一无所有，才会全身心地投入造反事业。可是自己是藩王，和这些穷光蛋有天壤之别。怎么可能被这些人拖下水。
但是到现在他才发现，如果放纵这个侄子搞下去，自己会变得连穷和尚也做不了。
于是他开始了自己的准备工作，他招募大批强壮士兵为卫军，并进行军事训练，地点就在自己的王府之内。所谓武器的批判不能代替批判的武器，要想造反，拿着木棍农具是不行的，这就需要大量的兵器，打造兵器的动静很大，而当时又没有隔音设备。朱棣在这个问题上充分发挥了想象力和创造力，他建造了一座很大的地下室，周围树起围墙，并在附近开办了多个养鸡场，就这样，地下室里叮叮当当的敲个不停，外面的人一点也听不见。
此外，朱棣还吸取历来农民起义战争中的先进经验，虚心向农民兄弟学习，即在造反前要搞点封建迷信、远古传说之类的东西。
为此他招募了一大批特殊人士。这些人被称为异人术士，其实就是街上算命占卜的那些人，他把这些人搞来无非是为了给自己壮胆，顺便做做宣传工作，但他本人也不会想到，这一举措在后来竟然发挥了意想不到的作用。
【步步进逼】
建文帝在解决其他藩王的时候，眼睛却始终看着朱棣，因为他也清楚，这个人才是他最为可怕的对手。为了削减朱棣的实力，他先派工部侍郎张昺接任了北平市市长的职务，然后任命谢贵、张信为北平都指挥使，掌握了北平的军事控制权。之后他还派宋忠（此名极不吉利）率兵三万，镇守屯平、山海关一带，随时准备动手。
刀已经架到脖子上了，朱棣似乎成为了板上鱼肉，在很多人看来，他只能束手就擒了。
然而就在此时，朱棣却做出了一件别人想不到的事情。
按照规定，建文帝登基后，藩王应入朝晋见皇帝，由于当时局势十分紧张，很多人都认为朱棣不敢如期拜见新皇帝，但大家万万没有想到，他不但来了，还干出了惊人之举。
建文元年三月份，燕王入朝参拜新君，按说来到别人的地盘就老实点吧，可这位仁兄居然在众目睽睽之下“行皇道入，登陛不拜”。可见朱棣嚣张到了何种地步。
朱棣的无礼举动引起了群臣的愤怒，户部侍郎卓敬多次上奏，要求就地解决朱棣，建文帝竟然以燕王是自己的至亲为由拒绝了这一正确提议。卓敬气得跳脚，大叫起来：“杨坚、杨广两人难道不是父子吗”？！
但建文帝仍然拒绝了他的提议。
朱棣就这样在京城逛了一圈，风风光光的回了北平。而齐泰和黄子澄竟然结结实实当了一回看客，平日在地图上运筹帷幄、决胜千里的所谓谋略家就是这样的水平。
当然，建文帝手下并非都是一些如齐泰、黄子澄之类的人，事实证明，他还是有许多得力部下的。
【隐蔽战线的斗争】
在这场斗争中，建文帝并非不堪一击，他也使用了很多权谋手段，特别是在地下工作方面，可谓卓有成效。
【成功的策反】
建文元年（1399）初，朱棣派长史葛诚进京城朝见皇帝，其实这个葛诚也是个间谍，他的真实目的是打探消息，但朱棣万没有想到的是，此人竟然被策反了，而策反葛诚的正是皇帝本人。
葛诚一到，建文帝便放下架子，以九五之尊对葛诚礼遇有加，估计也亲切地询问了他的家庭收入情况并鼓励他好好工作之类。葛诚十分感动，皇帝竟然如此看重自己！他一时头热，就主动交待了燕王朱棣的种种不法行为和自己的间谍身份。然后他光荣地接受了建文帝地下工作者的称号，表示回去后一定努力工作，并及时做好情报信息传递工作，争取早日将燕王等人一网打尽。
一颗钉子就这样扎下了。
如果说葛诚是一个小间谍，那么下面要介绍的这位就是超级间谍，更具讽刺意味的是，此人并不知道自己做了间谍。
这个人就是朱棣的老婆，大将军徐达的女儿。
将门往往无虎子，如常遇春的儿子常茂，李文忠的儿子李景隆都是如此。但事情总有例外，徐达之子徐辉祖就是一个例外。他虽然出生名门，却从不引以为傲，为人谦虚谨慎，熟知兵法，而且效忠于建文帝。
他利用裙带关系，走夫人路线，在与他的妹妹聊天时了解到了很多妹夫朱棣学习工作的情况，并通报给了一直以来都对朱棣关怀备至的朱允炆。
就这样，朱棣的很多绝密情报源源不断地传到了朱允炆的耳中。
其实在这条战线上，朱棣的工作也毫不逊色，他的情报来源比较特殊，主要是由朱允炆身边的宦官提供的。朱元璋曾经严令不允许太监干政，作为正统继承人的朱允炆对此自然奉为金科玉律，在他手下的太监个个劳累无比又地位极低，其实太监也是人，也有自己的情感倾向，他们对朱允炆十分不满却又无处诉苦。
正在此时，救世主朱棣出现了，他不但积极结交宫中宦官，还不断送礼给这些谁也瞧不起的人，于是一时之间，燕王慈爱之名在宦官之中流传开来，大家都甘心为燕王效力。
朱允炆从来有没有正眼看过这些他认为很低贱的人，但他想不到的是，就是这些低贱的人在某种程度上决定了这场斗争的胜负。
除了这些太监之外，朱棣还和朝中的两个人有着十分秘密的关系，此二人可以说是他的王牌间谍，当然不到关键时刻，朱棣是不会用上这张王牌的，他要等待最后的时刻到来。
【黄子澄的致命错误】
四月，朱棣回到北平后，就向朝廷告病，过了一段时间，病越生越重，居然成了病危。这场病并不是突发的，而是酝酿了相当长的时间。因为在即将到来的五月，朱棣有一件不想做却又不得不做的事情。
五月，是太祖朱元璋的忌日，按照礼制朱棣应该自己前来，但朱棣敏锐地感觉到如果这次再去京城，可能就回不来了。可是老爹的忌日不去也是不行的，于是他派长子朱高炽及另外两个儿子朱高煦、朱高燧取代他祭拜。一下子派出三个儿子，除了表示自己重视此事外，另一个目的就是告诉朝廷，自己没有异心。
朱棣这次可算是打错了算盘，当时的形势已经很明了，朱允炆摆明了就是要搞掉藩王，此时把自己的儿子派入京城，简直就是送去的人质。