仔细研究了此地特点后，思虑再三，戚继光终于确定了自己的战略，但在作战之前，他还必须做一件事。
戚继光开了一次会，与会者是他属下的所有将领和士兵。在会议上，他用沉重地声音告诉了所有人事实的真相：
在横屿岛上盘踞着一群十分凶悍的倭寇，他们可能比以前遇到的任何敌人都难于对付，而且此地潮汐复杂，早上六点开始退潮，下午二点开始涨潮，也就是说，从登陆开始到战斗结束，你们只有四个时辰（八个小时）的时间。
现场陷入了死一般的宁静，所有的人都明白这意味着什么。
所以戚继光直截了当地说出了最后的话：
“你们一旦上岛，便无退路，如不能胜敌，潮汐再涨时，便是必死之刻，若你们无此决心把握，便不要渡海，我绝不责怪。”
在短暂的沉默之后，戚继光听到了雷鸣般的回答：
“不远千里而来，岂能后退，不杀倭奴，誓不罢兵！”
夺回原本属于自己的领土，为被杀害的同胞复仇，不用犹豫，也无须多说。
嘉靖四十一年（1562）八月初九凌晨，戚家军向横屿发起进攻。
此刻潮水刚刚退去，而天色尚早，倭寇们戒备松懈，是最佳的出发时间。
但刚走几步，第一个难题就横在了面前，由于刚刚退潮，道路十分泥泞，很多地方完全无法行走。但戚继光早已想好了对策，他让每个士兵带上了一件特殊的物品——稻草。每前进一步，士兵们都撒草铺路，部队开始有条不紊地行进着。
此时海岛上的倭寇已经发现了戚家军，但他们却没有行动，只是冷笑着注视着眼前的这一幕。因为他们十分清楚，要想登陆上岛，靠稻草是远远不够的。
果然，更为严重的问题出现了，士兵们终于发现，越靠近海岛，泥泞就越严重，但这并不是问题的关键，真正的致命之处，在于体力。
曾有历史学家统计过，明代士兵作战时，身上的盔甲，外加武器装备，负重至少在十五公斤以上，而携带多种武器的戚家军只多不少。
这是一个十分可怕的数字，连美军特种海豹突击队平日演练时，负重也只有十公斤左右。而戚家军在跨越淤泥之后，还要趟过海水，是名副其实的武装泅渡。
事情似乎正如倭寇们的预料，明军开始体力不支，东倒西歪，照此下去，即使能够爬到岸上，也根本无力作战。
后方的戚继光看到了这一切，他十分清楚，如果继续下去此战必败，于是，他让人拿出了他预先准备的那样东西。
前面的士兵们已苦不堪言，只凭借顽强的意志苦苦支撑，而就在这时，他们听到了一阵响亮的鼓声。
士兵们回过头来，看到了这样一幕场景。
戚继光独自屹立在那里，奋力地击打着擂鼓。事到如今，已经没有任何办法，这是他能提供的唯一帮助。
于是在这个即将破晓的黎明，孤独而清越的鼓声回荡在天地之间，回荡在每一个人的心中。
片刻沉寂之后，在鼓声的伴随下，明军支撑着疲倦的身体，向前方的小岛继续前进，凭借着顽强的意志，以及必胜的信念。
因为那本就是属于他们的土地。
倭寇们终于慌乱了，他们亲眼看见了奇迹的发生，这支疲惫不堪的军队忽然重新奋起，征服了泥沼和海水，一步步向自己走来。
被巨大恐惧笼罩的倭寇立刻开始整队，集中全部兵力在海边列阵，准备玩一次“击其半渡”，等待明军上岸后，趁他们立足未稳，发动攻击将他们赶下海去。
然而他们再次低估了对手的实力，做出了错误的判断。
登岸的明军并没有如倭寇所料，直接发起进攻，而是坚守原地，直到剩下的同伴赶到，排出那个特别的阵形后，才开始继续前进。这时倭寇们才如梦初醒，但为时已晚。自鸳鸯阵成型的那一刻起，他们的失败就已注定。
所以虽然他们来自出产最凶残野兽的九州，虽然他们负隅顽抗，进攻受挫仍然狂叫着挥刀冲锋，但这一切都无济于事，在比他们更为勇猛的明军和威力强大的鸳鸯阵面前，失败是他们的唯一结局。
很快战斗就演变成了游戏，倭寇全线溃败，而明军则变为三才阵和五行阵，四处追赶逃窜的倭寇，并将他们置于死地。岛上的千余名倭寇要么被杀，要么自杀，要么淹死或被俘，总之无一幸免。
横屿之战就此结束，三个时辰之内，明军全歼岛上倭寇，并解救出被掳妇孺八百余人，己方伤亡共计十三人。
在这场意志的较量中，戚继光和他的军队成为了最后的胜利者，当之无愧。
战斗胜利了，用尽最后一分气力的明军再也支撑不住，纷纷躺倒在地，动弹不得，寂静笼罩着战后的横屿。
戚继光沉默地看着眼前的这一幕，他知道，这是胜利的宁静，是无声的凯歌。于是一声高昂的吟唱就此响起：
〖万人一心兮泰山可撼，惟忠与义兮气冲斗牛！
主将亲我兮胜如父母，干犯军法兮身不自由。
号令明兮赏罚信，赴水火兮敢停留。
上报天子兮下救黔首，杀尽倭奴兮觅个封侯！〗
此即千古传诵之《凯歌》，青史留转，余音不绝。
【覆灭】
横屿之战的真正意义在于杀鸡给猴看，此战之后，福建各地倭寇皆闻风丧胆，再也不敢嚣张放肆，戚继光趁胜追击，先后在杞店、牛田、林墩大破倭寇，先后歼敌五千余人，形势一片大好。
但这时麻烦来了，虽然胡宗宪总领东南，但福建并不是他的属地，戚继光只是被暂借而已，时候一到还要回去报到。有这么好的外援，福建巡抚自然舍不得放走，而且此时正是打击倭寇的最好时机，如果撤回浙江，必将前功尽弃。
于是戚继光决定向胡宗宪上书，要求延长租借期，他信誓旦旦地对福建监军汪道昆表示，胡宗宪是一个通情达理，顾全大局的人，如无意外，事情绝无问题。
但意外偏偏发生了，因为他的这封上书，胡宗宪根本就没有看到。
嘉靖四十一年（1562）十一月，胡宗宪被削去官职，逮捕入京。