但总体而言，小事不断，大事没有，安定团结的局面依旧。
直到这历史性的一天：万历十八年（1590）正月初一。
解决雒于仁事件后，申时行再次揭开了盖子：
“臣等更有一事奏请。”
“皇长子今年已经九岁，朝廷内外都认为应册立为太子，希望陛下早日决定。”
在万历看来，这件事比雒于仁的酒色财气疏更头疼，于是他接过了申时行刚刚用过的铁锹，接着和稀泥：
“这个我自然知道，我没有嫡子（即皇后的儿子），长幼有序。
其实郑贵妃也多次让我册立长子，但现在长子年纪还小，身体也弱，等他身体强壮些后，我才放心啊。”
这段话说得很有水平，按照语文学来分析，大致有三层意思。
第一层先说自己没有嫡子，是说我只能立长子；然后又讲长幼有序，是说我不会插队，但说来说去，就是不说要立谁；接着又把郑贵妃扯出来，搞此地无银三百两。
最后语气一转，得出结论：虽然我只能立长子、不会插队，老婆也没有干涉此事，但考虑到儿子太小，身体太差，暂时还是别立了吧。
这招糊弄别人可能还行，对付申时行就有点滑稽了，和了几十年稀泥，哪排得上你小子？
于是申先生将计就计，说了这样一句话：
“皇长子已经九岁，应该出阁读书了，请陛下早日决定此事。”
这似乎是一件完全不相干的事情，但事实绝非如此，因为在明代，皇子出阁读书，就等于承认其为太子，申时行的用意非常明显：既然你不愿意封他为太子，那让他出去读书总可以吧，形式不重要，内容才是关键。
万历倒也不笨，他也不说不读书，只是强调人如果天资聪明，不读书也行。申时行马上反驳，说即使人再聪明，如果没有人教导，也是不能成才的。
就这样，两位仁兄从继承人问题到教育问题，你来我往，互不相让，闹到最后，万历烦了：
“我都知道了，先生你回去吧！”
话说到这个份上，也只好回去了，申时行离开了宫殿，向自己家走去。
然而当他刚刚踏出宫门的时候，却听到了身后急促的脚步声。
申时行转身，看见了一个太监，他带来了皇帝的谕令：
“先不要走，我已经叫皇长子来了，先生你见一见吧。”
十几年后，当申时行在家撰写回忆录的时候，曾无数次提及这个不可思议的场景以及此后那奇特的一幕，终其一生，他也未能猜透万历的企图。
申时行不敢怠慢，即刻回到了宫中，在那里，他看见了万历和他的两个儿子，皇长子朱常洛，以及皇三子朱常洵。
但给他留下最深刻印象的，却并非这两个皇子，而是此时万历的表情。没有愤怒，没有狡黠，只有安详与平和。
他指着皇长子，对申时行说：
“皇长子已经长大了，只是身体还有些弱。”
然后他又指着皇三子，说道：
“皇三子已经五岁了。”
接下来的，是一片沉默。
万历平静地看着申时行，一言不发。此时的他，不是一个酒色财气的昏庸之辈，不是一个暴跳如雷的使气之徒。
他是一个父亲，一个看着子女不断成长，无比欣慰的父亲。
申时行知道机会来了，于是他打破了沉默：
“皇长子年纪已经大了，应该出阁读书。”
万历的心意似乎仍未改变：
“我已经指派内侍教他读书。”
事到如今，只好豁出去了：
“皇上您在东宫的时候，才六岁，就已经读书了。皇长子此刻读书，已经晚了！”
万历的回答并不愤怒却让人哭笑不得：
“我五岁就已能读书！”
申时行知道，在他的一生中，可能再也找不到一个更好的机会，去劝服万历，于是他做出了一个惊人的举动。
他上前几步，未经许可，便径自走到了皇长子的面前，端详片刻，对万历由衷地说道：
“皇长子仪表非凡，必成大器，这是皇上的福分啊，希望陛下能够早定大计，朝廷幸甚！国家幸甚！”
万历十八年正月初一日，在愤怒、沟通、争执后，万历终于第一次露出了笑容。
万历微笑地点点头，对申时行说道：
“这个我自然知道，其实郑贵妃也劝过我早立长子，以免外人猜疑，我没有嫡子，册立长子是迟早的事情啊。”
这句和缓的话，让申时行感到了温暖，儿子出来了，好话也说了，虽然也讲几句什么郑贵妃支持，没有嫡子之类的屁话，但终究是表了态。
形势大好，然而接下来，申时行却一言不发，行礼之后便退出了大殿。
这正是他绝顶聪明之处，点到即止，见好就收，今天先定调，后面慢慢来。
但他无论如何也想不到，这次和谐的对话，不但史无前例，而且后无来者。“争国本”事件的严重性，将远远超出他的预料，因为决定此事最终走向的，既不是万历，也不会是他。
谈话结束后，申时行回到了家中，开始满怀希望地等待万历的圣谕，安排皇长子出阁读书。
可是一天天过去了，希望变成了失望。到了月底，他也坐不住了，随即上疏，询问皇长子出阁读书的日期。这意思是说，当初咱俩谈好的事，你得守信用，给个准信。
但是万历似乎突然失忆，啥反应都没有，申时行等了几天，一句话都没有等到。
既然如此，那就另出新招，几天后，内阁大学士王锡爵上书：
“陛下，其实我们不求您立刻册立太子，只是现在皇长子九岁，皇三子已五岁，应该出阁读书。”
不说立太子，只说要读书，而且还把皇三子一起拉上，由此而见，王锡爵也是个老狐狸。
万历那边却似乎是人死绝了，一点消息也没有，王锡爵等了两个月，石沉大海。
到了四月，包括申时行在内，大家都忍无可忍了，内阁四名大学士联名上疏，要求册立太子。
尝到甜头的万历故伎重演：无论你们说什么，我都不理，我是皇帝，你们能把我怎么样？
但他实在低估了手下的这帮老油条，对付油盐不进的人，他们一向都是有办法的。
几天后，万历同时收到了四份奏疏，分别是申时行、王锡爵、许国、王家屏四位内阁大学士的辞职报告。理由多种多样，有说身体不好，有说事务繁忙，难以继任的，反正一句话，不干了。
自万历退居二线以来，国家事务基本全靠内阁，内阁一共就四个人，要是都走了，万历就得累死。
没办法，皇帝大人只好现身，找内阁的几位同志谈判，好说歹说，就差求饶了，并且当场表态，会在近期解决这一问题。
内阁的几位大人总算给了点面子，一番交头接耳之后，上报皇帝：
病的还是病，忙的还是忙，但考虑到工作需要，王家屏大学士愿意顾全大局，继续干活。