相比而言，像皦秀才这种要钱没钱要权没权的人，死前能捞个三司会审，也就不错了，结案只是时间问题。
可是这起案件，远没有想象中那么简单。
一到三法司，皦秀才就不认账了。虽说之前他曾招供，说自己是仇恨郑国泰，故意写妖书报复，但那是在锦衣卫审讯时的口供。锦衣卫是没有善男信女的，也不搞什么批评教育，政策攻心，除了打就是打，口供是怎么来的，大家心里都有数。现在进了三法司，看见来了文明人，不打了，自然就翻了案。
更麻烦的是，沈一贯和朱赓也不认。
这二位明显是被妖书案整惨了，心有不甘，想借机会给沈鲤点苦头吃。上疏皇帝，说证词空泛，不可轻信，看那意思，非要搞出个一二三才甘心。
所以在审讯前，他们找到了萧大亨，准备做手脚。
萧大亨，时任刑部尚书，是沈一贯的亲信，接到指令后心领神会，在审讯时故意诱供，让皦秀才说出幕后主使。
可是皦秀才还真够意思，问来问去就一句话：
“无人主使！”
萧大亨没办法，毕竟是三法司会审，搞得太明显也不好，就给具体负责审案的下属，刑部主事王述古写了张条子，还亲自塞进了他的袖口，字条大意是，把这件事情往郭正域、沈鲤身上推。
没想到王述古接到条子，看后却大声反问领导：
“案情不出自从犯人口里，却要出自袖中吗？！”
萧大亨狼狈不堪，再也不敢掺和这事。
沈鲤这边也没闲着，他知道沈一贯要闹事，早有防备：你有刑部帮忙，我有都察院撑腰。一声令下，都察院的御史们随即开动，四下活动，灭火降温，准备冷处理此事。
其中一位御史实在过于激动，竟然在审案时，众目睽睽之下，对皦秀才大声疾呼：
“别牵连那么多人了，你就认了吧。”
审案审到这个份上，大家都是哭笑不得，要结案，结不了；不结案，又没个交代，皇帝、太子、贵妃、内阁，谁都不能得罪。万一哪天皦秀才吃错了药，再把审案的诸位领导扯进去，那真是哭都没眼泪。
三法司的人急得不行，可急也没用，于是有些不地道的人就开始拿案件开涮。
比如有位审案御史，有一天突然神秘地对同事说，他已经确定，此案一定是皦秀才干的。
大家十分兴奋，认定他有内部消息，纷纷追问他是怎么知道的。
御史答：
“昨天晚上我做梦，观音菩萨告诉我，这事就是他干的。”
当即笑瘫一片。
没办法，就只能慢慢磨，开审休审，休审开审，周而复始，终于有一天，事情解决了。
皦生光也受不了了，天天审问，天天用刑，天天折腾，还不如死了好，所以他招供了：
“是我干的，你们拿我去结案吧。”
这个世界清净了。
万历三十二年（1604）四月，皦生光被押赴刑场，凌迟处死。
妖书案就此结束，虽说闹得天翻地覆，疑点重重，但有一点是肯定的，那就是：皦生光很冤枉。
因为别的且不谈，单说妖书上列出的那些官员，就皦秀才这点见识，别说认识，名字都记不全。找这么个人当替死鬼，手真狠，心真黑。
妖书何人所写，目的何在，没人知道，似乎也没人想知道。
因为有些时候，真相其实一点也不重要。
妖书案是结了，可轰轰烈烈的斗争又开始了。沈一贯被这案子整得半死不活，气得不行，卯足了劲要收拾沈鲤。挖坑、上告、弹劾轮番上阵，可沈鲤同志很是强悍，怎么搞都没倒。反倒是沈一贯，由于闹得太过，加上树大招风，竟然成为了言官们的新目标。骂他的人越来越多，后来竟然成了时尚（弹劾日众）。
沈一贯眼看形势不妙，只好回家躲起来，想要避避风头，没想到这风越刮越大，三年之间，弹劾他的奏疏堆起来足有一人高，于是他再也顶不住了。
万历三十四年（1606），沈一贯请求辞职，得到批准。
有意思的是，这位仁兄走之前，竟然还提了一个要求：我走，沈鲤也要走。
恨人恨到这个份上，也不容易。
而更有意思的是，万历竟然答应了。
这是一个不寻常的举动，因为沈鲤很有能力，又是他的亲信。而沈一贯虽说人滑了点，办事还算能干，平时朝廷的事全靠这两人办，万历竟然让他们全都走人，动机就一个字——烦。
自打登基以来，万历就没过几天清净日子。先被张居正压着，连大气都不敢出，等张居正一死，言官解放，吵架的来了，天天闹腾。
到生了儿子，又开始争国本，堂堂皇帝，竟然被迫就范。
现在太子也立了，某些人还不休息，跟着搞什么妖书案，打算混水摸鱼，手下这两人还借机斗来斗去，时不时还以辞职相威胁，太过可恶。
既然如此，你们就都滚吧，有多远滚多远，让老子清净点！
沈一贯和沈鲤走了，内阁只剩下了朱赓。
这一年，朱赓七十二岁。
朱赓很可怜，他不但年纪大，而且老实，老实到他上任三天，就有言官上书骂他，首辅大人心态很好，统统不理。
可让他无法忍受的是，他不理大臣，皇帝也不理他。
内阁人少，一个七十多的老头起早贪黑熬夜，实在扛不住，所以朱赓多次上书，希望再找几个人入阁。
可是前后写了十几份报告，全都石沉大海，到后来，朱大人忍不住了，可怜七十多岁的老大爷，亲自跑到文华门求见皇帝，等了半天，却还是吃了闭门羹。
换在以前，皇帝虽然不上朝，但大臣还是要见的，特别是内阁那几个人，这样才能控制朝局。比如嘉靖，几十年不上朝，但没事就找严嵩、徐阶聊天，后来索性做了邻居，住到了一起（西苑）。
但万历不同，他似乎是不想干了。在他看来，内阁一个人不要紧，没有人也不要紧，虽然朱首辅七十多了，也还活着嘛。能用就用，累死了再说，没事就别见了，也不急这几天，会有人的，会见面的，再等等吧。
就这样，朱老头一边等一边干，一个人苦苦支撑，足足等了一年，既没见到助手，也没见过皇帝。
这一年里朱老头算被折腾惨了，上书国政，皇帝不理，上书辞职，皇帝也不理，到万历三十四年（1607），朱赓忍无可忍，上书说自己有病，竟然就这么走了。
皇帝还是不理。
最后一个也走了。
内阁没人呆，首辅没人干，经过万历的不懈努力，朝廷终于达到了传说中的最高境界——千山鸟飞绝，万径人踪灭。
自明代开国以来，只有朱元璋在的时候，既无宰相，也无内阁，时隔多年，万历同志终于重现往日荣光。
而对于这一空前绝后的盛况，万历很是沉得住气，没人就没人，日子还不是照样过？
但很快，他就发现这日子没法过了。