1577年秋天，朝廷上又发生了一起严重的事件。大学士张居正的父亲在湖广江陵去世，按规定，张居正应当停职，回原籍守制，以符合“四书”中所说的父母三年之丧这一原则。张居正照例报告丁忧，这使得万历大为不安。皇帝当时虽然已经15岁，但是国家大事和御前教育仍然需要元辅的不可缺少的襄助。再说过去由于地位重要而不能离职的官员，由皇帝指令“夺情”而不丁忧守制，也不是没有先例。于是皇帝在和两位皇太后商量之后，决定照此先例慰留张先生。在大伴冯保的协助之下，皇帝以半恳请半命令的语气要求张先生在职居丧。张居正出于孝思，继续提出第二次和第三次申请，但都没有被批准。最后一次的批示上，皇帝还说明慰留张先生是出于太后的懿旨。这些文书从文渊阁到宫内来回传递，距离不过1000米内外，但是有意思的是不论是奏章或者朱批还都要送到午门的六种廊房发抄，使大小官员得以阅读原文，了解事情的全部真相。
然而官员们的反映并不全如理想。他们不相信张居正请求离职丁忧的诚意，进而怀疑夺情一议是否出自皇室的主动。翰林院中负责记述本朝历史的各位编修均深感自身具有重大的责任。因为他们的职责就是要在记述中体现本朝按照圣经贤传的教导办事的精神，如果没有这种精神，朝廷就一定不能管理好天下的苍生赤子。统治我们这个庞大帝国，专靠严刑峻法是不可能的，其秘诀在于运用伦理道德的力量使卑下者服从尊上，女人听男人的吩咐，而未受教育的愚民则以读书识字的人作为楷模。而这一切都需要朝廷以自身的行动为天下作出表率。很多翰林来自民间，他们知道法治的力量有一定的限度，但一个人只要懂得忠孝大节，他就自然地会正直而守法。现在要是皇帝的老师不能遵守这些原则，把三年的父母之丧看成无足轻重，这如何能使亿万小民心悦诚服？
在万历并未与闻的情况下，翰林院的几十名官员请求吏部尚书张瀚和他们一起去到张居正的私邪向他当面提出劝告，想让张居正放弃伪装，离职丁忧。他们还认为，即使为张居正个人的前途着想，他也应当同意大家的意见居丧27个月，以挽回官员们对他失去的信心。但是劝说不得结果。张居正告诉他们是皇帝的圣旨命令本人留在北京，你们要强迫本人离职，莫非是为了想加害于本人？
吏部尚书张瀚，一向被认为是张居正的私人。他在张居正的破格提拔下身居要职，在任内也惟有文渊阁的指示是听。当他参加了这次私邪劝告以后，他就立即被人参奏，参奏中一字不提他和元辅的这次冲突，而是假借别的小事迫使他下台。这一参奏引起了官员们更大的愤怒，因为他们清楚地知道，朝廷的纠察官员即110名监察御史和52名给事中，都属于张居正夹袋中的人物，他们从来只纠察对张居正不利的人而不顾舆论。
官员们的愤怒使他们下定决心采取另一种方式，他们直接向万历参奏张居正。严格地说来，翰林编修上本是一种超越职权的行为，遭到反击的机会极大。但是他们熟读孔孟之书，研究历史兴亡之道，面对这种违反伦常的虚伪矫情，如果不力加诤谏而听之任之，必然会影响到本朝的安危。而且，本朝历史上集体上书的成例具在，最先往往由职位较低的人用委婉的文字上奏，以后接踵而来的奏章，辞句也会越来越激烈。皇帝因此震怒，当然会处分这些上奏的人，但其他的高级官员会感到这是公意之所在，就要请求皇帝的宥免，同时又不得不对问题发表公正的意见。这样就迫使整个朝廷卷入了这场争端，即使抗议失败，鼓动舆论，发扬士气，揭发纠举的目的已经达到。哪怕有少数人由此牺牲，也可以因为坚持了正义而流芳百世。
纠举张居正的事件按照这一程序开始。最先由两名翰林以平静的语调在奏章中提出：因为父丧而带来的悲痛，使张居正的思想已不能如以前的绵密。强迫他夺情留任，既有背于人子的天性，国家大事也很难期望再能像从前那样处理得有条不紊，所以不如准许他回籍丁忧，庶几公私两便。在两名翰林之后，接着有两个刑部官员以激烈的语气上书，内称张居正贪恋禄位，不肯丁忧，置父母之恩于个人名利之下。如果皇上为其所惑，将带给朝廷以不良的观感，因此恳请皇上勒令他回籍，闭门思过，只有
如此，才能对人心士气有所挽回。
张居正既被参奏，就按照惯例停止一切公私往来，在家静候处置。但是暗中的活动并没有停止，他的意图会及时传达到冯保和代理阁务的二辅那里。个中详情，当然没有人可以确切叙述。我们所能知道的就是严厉的朱笔御批，参张的官员一律受到严惩。他们的罪名不在于触犯首辅而在于藐视皇帝。
圣旨一下，锦衣卫把4个犯官逮到午门之外。两个翰林各受廷杖60下，并予以“削籍”，即褫夺了文官的身分而降为庶民。另外两个官员因为言辞更加孟浪，多打20下。打完以后再充军边省，终身不赦。掌刑人员十分了然于犯官的罪恶，打来也特别用力。十几下以后，犯官的臀部即皮开肉绽，继之而血肉狼藉。受责者有一人昏死，嗣后的复苏，也被公认为是一个奇迹；另一人受刑痊愈之后，臀部变成了一边大一边小。刑罢以后，锦衣卫把半死半活的犯官裹以厚布，拽出宫门之外，听凭家属领回治疗。有一些官员向犯官致以慰问，被东厂的侦缉人员一一记下姓名，其中的某些人且在以后被传讯是否同谋。
皇帝的行动如此坚决而且迅速，无疑大出于反张派的意料之外。皇帝紧接着又降下敕书，内称，参奏张居正的人假借忠孝之名掩盖一个大逆不道的目的，即欺负朕躬年幼，妄图赶走辅粥，使朕躬孤立无援而得遂其私。此次给予杖责，不过是小示做戒，如果有人胆敢继续顽抗，当然要给予更严厉的处罚。这样严肃的语气，等于为再敢以行动倒张的官员预定了叛逆罪，使人已无抗辩的余地。这一恐吓立即收到应有的效果。除了一名办事进士名叫邹元标的又继续上疏弹劾以外，没有别人再提起张居正的不忠不孝。事情就此结束。最低限度在今后5年之内不再有人参劾元辅，非议夺情。至于那个邹元标，由于奏章呈送在敕书传遍百官之前，因此加恩只予廷杖并充军贵州。此人在以后还要兴风作浪，这里暂时不表。
张居正用布袍代替锦袍，以牛角腰带代替玉带，穿着这样的丧服在文渊阁照常办事。皇帝批准了他的请求，停发他的官傣，但同时命令官中按时致送柴火油盐等日用品，光禄寺致送酒宴，以示关怀优待。倒张不遂的官员大批桂冠离职，他们推托说身体衰弱或家人有故，所以请求给假或退休。此时北京城内还发现传单，内容是揭露张居正谋逆不轨。东厂人员追查传单的印制者没有结果，只好把它们销毁，不再呈报给皇帝，以免另生枝节。
次年，即1578年，张居正服用红袍玉带参与了皇帝的大婚典礼。礼毕后又换上布袍角带回籍葬父。他从阳历4月中旬离京，7月中旬返京，时间长达3个月。即使在离京期间，他仍然处理重要政务。因为凡属重要文件，皇帝还要特派飞骑传送到离京1000里的江陵张宅请张先生区处。