万历所巡视的为自己预筑的陵墓动士于1584年的夏季。这项巨大的工程微妙地体现了把皇帝不当作一个有血有肉的人，而把他当作一种机构的看法。万历皇帝缺乏坚强的意志和决心，但并不缺乏清醒和机灵的头脑，然而他竟欣然接受了这种精神上的活埋。
陵墓内的葬室筑有停放梓宫的石床。石床上留出来的位置共有三个，除了皇帝和皇后以外，还有一个位置留给下一代皇帝的生母。万历目睹之余，不禁感慨系之。他所心爱的女人即使不能在生前成为皇后，在死后也应当陪伴在他的身旁。否则，他和世界上唯一能够心心相印的女人在皇城的寺院里双双祈祷又所为何来呢？朱翊钧在生之日有妃嫔数十，宫女无数，可是与皇贵妃郑氏始终形影不离。可见生死同心，是他们的宿愿。这样美好的宿愿又是否能成为现实呢？当日皇帝想到这些，这大峪山的工程，就又和立储一事相始终而不可分割了。
皇帝在世之日预筑陵寝，在本朝有洪武、永乐、嘉靖三朝的成例可援。其不同之处，在于定陵竟然预筑于万历皇帝的青年时代。据申时行后来说，这一建议始创于1583年张四维做首辅的时候，当时皇帝还不足20岁。但这建议一经提出，他立即欣然同意，并亲自参与地址的选择和工程的设计。他当然不是认为自己去死不远，而是踌躇满志地感到他已经不折不扣地取得了列祖列宗的地位，足以让千秋万岁之后的人们崇敬。同时，他虽然年未二十，但是已为人父，而且御字已经10年，具有足够的资格承当这一光荣。
这次预筑陵寝的工程和别项工程不同，差不多完全没有廷臣劝谏。惟一的争执在于风水问题，已如上文所述。最后由于皇帝宸衷独断，才平息了这场纠纷。争论者没有想到，平日他们以道德的名义解决技术问题，现在却要用技术的名义去解决道德问题，只是皇帝以秦始皇和骊山为例，不肯过于讲究，以致坚持风水的人，不能继续用这个名目作党争的根据。
筑陵是本朝大事，有司职责所系，于是组成了一个类似于委员会的机构，成员有尚书三人、司礼监太监和高级军官数人，总其成的是定国公徐文壁和首辅申时行。军官之所以参加这个机构，是由于大量的土木工程需要兵士的体力。徐文壁是开国勋臣徐达之后，各种重要的礼仪都少不了由他领衔，而全部的擘划经营无疑还要由申时行一力承担。到1587年，申时行已亲赴大峪山督工多次，其尽瘁王事的忠忱，当然会被年轻的皇帝所体会并因此增加对于申先生的信任。
定陵的建筑经过详见于当日工部的记录报告之中，其建筑结构则因1956年的发掘而为400年后的人们所了解。整个看来，玄宫的宗教色彩浓厚。其石制椅案缀饰以帝后的标志如龙凤，其下缘则为莲瓣，乃是佛家传统。其懵懂于下世超生的观念，实际上是一种希望，一种幻想。内中埋藏的金银和瓷质的面盆固然予人以现实化的感觉；可是木雕的人俑马匹却又只有玩具一样大小，显示着筑陵的人将“长生不死”的观感，认作一种心理状态，只能于半信半疑间得之。
今天，有思想的观光者，走进这座地下宫殿的玄宫，感触最深的大约不会是这建筑的壮丽豪奢，而是那一个躺在石床中间、面部虽然腐烂而头发却仍然保存完好的骷髅。它如果还有知觉，一定不能瞑目，因为他心爱的女人，这唯一把他当成一个“人”的女人，并没有能长眠在他的身旁。同时，走近这悲剧性的骸骨，也不能不令人为这整个帝国扼腕。由于成宪的不可更改，一个年轻皇帝没有能把自己创造能力在政治生活中充分使用，他的个性也无从发挥，反而被半信半疑地引导进这乌有之乡，充当了活着的祖宗。张居正不让他习字，申时行不让他练兵，那么他贵为天子并且在年轻时取得了祖宗的身份，对事实又有什么补益？富有诗意的哲学家说，生命不过是一种想象，这种想象可以突破人世间的任何阻隔。这里的地下玄宫，加上潮湿霉烂的丝织品和胶结的油灯所给人的感觉，却是无法冲破的凝固和窒息。他朱翊钧生前有九五之尊，死后被称为神宗显皇帝，而几百年之后他带给人们最强烈的印象，仍然是命运的残酷。
至于首辅申时行，他在监督定陵工程的时候究竟产生过多少感想，又产生过多少感慨，在留传到今天的官方文件上自然是查不到的。我们所能看到的是申时行在参与了破土典礼以后给皇帝的祝辞：“永绥列圣之神灵，预卜万年之兆域。”我们还能看到的是他在1586年举行正殿上梁典礼以后给皇帝的祝辞：“爰诹升栋之辰，适应小春之候。先期则风和日暖，临时则月朗星辉。臣工抃舞以扬休，民庶欢呼而趋事。”，这些辞藻上的对偶和华丽表现了想象中的至美至善，但是皇帝和他的老师彼此也都明白，对这样的文字不能过于认真。因为其时陵墓工程已延续多年，其耗用的财力已使国库受到影响，而征用的军民人力，也应当使“欢呼而趋事”者感到了难以解脱的痛苦。1587年即万历十五年国史上记有这么一条：“赐寿宫工人汤药及老弱饥号难以回乡者路费。”这条通令不可能未经皇帝和总揽工程的首席大学士过目，但是所谓赏赐是否确实发下，发下的数字又是否足敷使用，则无从证实了。