两年之后，万历皇帝登极，张居正出任首辅。这位文渊阁的首脑和海瑞一样，尊重法纪而讨厌苏松地区的地主。由此，海瑞曾经和张居正作过接触，希望他主持公道。张居正给他的复信中说：
“三尺之法不行于吴久矣。公骤而矫以绳墨，宜其不堪也。讹言沸腾，听者惶惑。仆谬忝钧轴，得参与庙堂之末议，而不能为朝廷奖奉法之臣，摧浮淫之议，有深愧焉。”这种以委婉的语句阳作同情、阴为责备的修辞方式，正是我们的文人所擅长的技巧。张居正认为海瑞轻率躁进而拒绝援之以手，使海瑞赋闲家居达15年之久，一直要到1585年，他才被重新起用为南京右金都御史。