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吕惠卿自从皇帝接见之后，当日就被授予天章阁侍讲、同判司农寺，兼知军器监事，新党核心第二号人物的地位立即就被确立起来了。当天皇帝留下他赐宴，询问他对朝廷政事的看法，了解地方民情，一直到天色作晚，才放他出宫。如此恩宠，当世罕有。第二日拜会王安石等诸宰相之后，吕惠卿就正式走马上任了，皇帝认为石越应当主要在中书省学习公务，同时解了他权知兵器研究院事的差使，改由吕惠卿推荐的陈元凤权知兵器研究院，这样，吕惠卿在形式上便把军器监牢牢的掌握在自己手中。因为兵器研究院无疑是军器监的重点部门，而那里又是石越白水潭系的老巢，最初几日，吕惠卿只要有空就会亲自去兵器研究院视察，帮助陈元凤了解各个部门研究的课题以及意义，一方面试图尽快淡化石越的影响，一方面也希望能够搞出一点成绩来。
“履善，”吕惠卿温和的嘱咐陈元凤，“刚才读过石越和沈括定下兵器研究院管理规则与奖惩条例，你有什么看法？”
陈元凤一怔，答道：“老师，学生以为不过如此。”
“嗯？”吕惠卿脸色一沉，“履善，听说你和石越等人不和，是吧？”
陈元凤脸上一红，却也不敢否认，“是的，我就是看不惯这些人。”
“履善，你和石越之间的恩怨我不管，但是做大事的人，要明白事理，懂得对方与自己的优劣，这样才会有成功的希望。”吕惠卿不紧不慢的说道，他比陈元凤长十多岁，自然可以用老师的态度对他，“我看石越此人，计虑深远，处事谨慎，你若想有一天能压倒他，就要承认他的优点，做出点成绩来，让皇上承认你的能力。当今皇上，勇于有为，没有政绩，是不能打动圣心的。”
陈元凤低着头道：“老师教诲得是，学生记住了。”
吕惠卿点点头，继续说道：“你看这石越在兵器研究院制订的种种条例，都是相当的精细，可以说面面俱到，他有沈括等人帮忙，自己在虞部和胄案积累了大量的经验，加上才华出众，所以才能制定出这些细则来，我们奉圣命来接掌此处，凡是好的，都要因袭，所以石氏成规，就不要轻易改动，否则闹出笑话，反会被人看轻，让御史知道，必有话说。”
陈元凤佩服的点了点头。只听吕惠卿继续说道：“兵器研究院的人，都是白水潭出身，对石越必有好感，若要得到他们的支持，你平时不可以对白水潭学院表现轻慢之意，对桑充国与石越，也要有一份尊敬的样子，这样才不至于激起反感，象石越留下的计划，就要全力支持，这样是告诉大家你的胸襟宽广，来这里也不是和石越为敌。这样才能把兵器研究院为我所用。这个道理你明白？”
“学生明白。”
“你能明白就好。”吕惠卿笑了笑，又说道：“不过这样消极的因势利导，也只是一个方面，你平时要多观察，尽量提拨一些不是白水潭出身的人来主持新的研究，军器监能工巧匠甚多，市井中多有奇人，你能加在提拔，他们必定感激你的知遇之恩，竭心尽力为你做事。你再用这些人来在兵器研究院树立威信，这才是上策。”
陈元凤听得频频点头，对吕惠卿佩服得五体投地。
吕惠卿轻轻拍了拍他肩膀，温声说道：“履善，记住，小不忍则乱大谋，军器监和兵器研究院，是最容易建立功劳的地方，你不会因此而得罪人，却可以立下极大的功劳。震天雷就是一个极好的例子，若不是沈括等人行事不谨，让人有机可趁，现在我们哪里有这个机会？你好自为之。白水潭学院，桑充国和石越实际也有矛盾，桑充国在野，不足为惧，所以白水潭出身的研究员，你也可以多加交往，凡是倾向桑充国的，不妨加以引导，许以重用，把他们争取过来。”
“学生明白得，老师放心，我一定在这里做出点成绩来。”陈元凤认真的答道。
“好，好，年轻人就要有这个气度。”吕惠卿哈哈笑道，“听说四大学院在白水潭讲演，我准备顺路去听听，你要不要一起去？”
陈元凤迟疑了一下，说道：“学生就不去了，我再多了解一下兵器研究院吧。”他心里却是不愿意去看到桑充国名满天下春风得意的样子。
吕惠卿也不勉强，从小厮手里接过马鞭，纵身上马，直奔白水潭学院而去。
白水潭学院这几天出奇的安静又出奇的混乱，军器监案在这里并没有引起太大的风波，因为升学考试相当的困难，大部分学生都要全心投入进去，以免自己成为不名誉的留级生。每个人都是要面子的，特别是这些在自己家乡看起来不可一世的年轻人。而另一方面，为了赶在九月开学，各地学子从七月开始，就陆续来白水潭报到的，他们中大部分是读一年级，也有少部分是申请参加一年级的升学考试，希望可以直接读二年级的。这些人的到来，让白水潭在安静中多出了几分混乱。另外，从关西横渠书院、以及嵩阳书院，各来了十五名学生，将在讲演堂做一次为期十五天的讲演活动，白水潭和太学也将各派十五名学子，参加这次学术交流。这就是吕惠卿口中所谓的“四大学院在白水潭讲演”了。
隐隐已经是执天下学术牛耳的白水潭学院自然不愿意在这第一次交流中丢脸，所有人员是桑充国、程颢、贾宪（格物院代院长）亲自选定，虽然许多出色的学生已经进了兵器院和《汴京新闻》报社，加上白水潭十三子等人南奔杭州，但是以明理院常州人佘中为代表的白水潭二年级生中，依然是人材辈出的。但是格物院这次却只派了三个人出来，却不能不让桑充国感到困扰——本来他是希望格物院多派一点出来，让横渠书院和嵩阳书院也能开格物课的，但是石越亲自介入格物院的二年级的升学考试，以及提前公布格物院毕业设计的题目，让所有格物院的学生一方面受宠若惊，一方面极度担心自己毕不了业。
算术系的日子最好过，至少现在看来如此，毕竟所有的毕业论文课题，都是自选的，而且讨论的不过如何系统化的解决三次方程以及一些关于三角形计算的论文之类；而博物系的学生就比较痛苦了，第三年他们将分成四个小组，分别向四个方向出发，沿途绘制地图，考察地形与物产，提交论文，有一个小组的题目竟然是沿河而西，考察黄河，其中重要的一问竟然是“黄河是否可以变清”，虽然博物系的学生不相信什么“黄河水清圣人出”的民谣，但是提出这样的问题，未免也太难了一点；但是相比于格物系的毕业论文题目，博物系的学生可以开心的睡着都要说自己运气好，“试论温度测量的可行性”、“你对热与力关系的理解”、“质量守恒假设是否成立”、“试论两个铁球为何同时落地”、“磁铁性质”、“空气是否燃烧之要素”……虽然学生们可以自己申报论文的题目，但想想石山长与那些教授的神态，就知道想随便申请一个题目过关是不可能的。相比之下，博物系可以得到大笔津贴出去游山玩水，才是让人羡慕不已。据说这个事实直接导致当年报博物系的人数激增。