日本人两次将忽必烈的来使斩首，又两次使其远征惨败，忽必烈极度的愤怒，于是准备第三次远征，维持其声望。各项准备在二次失败之后不久开始进行，造船的工作及于全中国沿海，北至朝鲜半岛，中经渤海湾及今日中国之东北，商船也被征用，供应物品则大量地屯集，海上水手全被召募，甚至海盗囚犯也被宥免而予以官职以便往日本戴罪图功。公元1285年由长江下游运往朝鲜之米100万石，表示大军的出动在即，可是1286年初，一道出人意表之外的语令，将所有的准备全部放弃。《元史》称“帝以日本孤远岛夷，重困民力，罢征日本，召阿八赤赴阙，仍散所顾民船。”虽说所称符合情理，可是如此声张又自承以前之错误和目下弱点，忽必烈发出这种指令时不能没有道义上的勇气。
蒙古武功的极致
从历史的眼光看来，蒙古人的挫败证明了在现代科技发展之前，极难使一陆上强国同时也成为海上强国。要维持一个大舰队又要承当其损失，使付出之代价过于庞大。因为海上冒险要强迫大量人民往与他们日常生活相反的方向进出。当准备第三次远征时，忽必烈已感到绥靖安南和缅甸的棘手。公元1293年他再派兵渡海攻爪哇，也没有达到期望的效果，远征军虽然登陆成功却在土人反攻时，受挫折死伤惨重。这样看来在忽必烈的晚年，这世界历史中最伟大的陆上强国已到了它发展扩充的极限。
中国人常说蒙古人在马背上得天下，也企图在马背上治理天下，这种批评有事实的根据。可是要是说成吉思汗之子孙完全忽略经理上的问题，则与情况相左了。比如说忽必烈就花费一生不少的时间。研究如何管理他辖下跨地极为广泛的大帝国。他不仅受地缘政④治的限制，也被当时代的情形拘束，以前各朝代留下来的碎片，无法接收过来作为一个整体新秩序的零件。而他当时的间题又不容他好整以暇地创造新系统，使它有持久的功效。
忽必烈晚年逐渐与中国儒臣疏远也是事实，此间有几个原因：宋朝覆亡之后遗臣不降元，不时仍有谣传光复的情事；蒙古人阵容中也发生彼此勾心斗角的状态，即可汗本人也要向臣下解释他所下的决心是出自本意，并未受中国人的摇布。除此之外我们更要体会到蒙古之征服，确是以力伏人；而后面仍有地缘政④治的问题，无法仅以军事方案解决。
蒙古的统治
蒙古人人数过少，文化程度又低，除了保持着他们的军事精神与军事组织之外，他们无法维持种族的面目。可是他们强悍的马术和日常生活的粗扩状态互为一体，一有都有。所以在元军之中，他们构成一种优秀部队，在多种战役之中，发生决定性的影响。其他非蒙古的游牧民族又为一系统，他们的部队称为“探马赤”，通常发生第二层的功用。华北经过几百年契丹及女真人统治之后，其人民带混合性格，虽说不能与蒙古军匹敌，但却较南宋人民坚强，元朝也将他们征集服役，在平服南宋时发生了效用。蒙古人称之为“汉人”的，其实包括朝鲜人和其他各色人种。最后南宋投降的军队井未解散，而依原建制收编在元军之内。元朝井且命令属于“军籍”的户口通过遗传世代都属军籍，这样一来也就俨如社会上带遗传性的等级（caste）了。
忽必烈本人没有种族主义者的征象，他只希望造成一种通过诸族之间的统治，而不使蒙古人因人数过少而吃亏。可是他统治的期间未曾设法创造一种以文墨为主中国式的文官官僚制度，他也未曾主持过一次文官考试。在他的教育系统内，蒙古文的字母至少与汉字均等。而几无例外的，元政府里各单位的首长总是蒙古人。
元主对儒家学者以空洞的名目左右辩论深感厌倦，但他坚持各级官僚务必熟悉文牍，可见得他注重技术上的细节，本人也身体力行。这样的着眼不仅只在忽必烈在任期间如此，以后的继承人也同样注重。粗率看来，和以前各朝比较，这着眼应当是一种主要的**，同时蒙古人提出这样的**也算得合于情理，因为他们的战胜取功全凭武力，并没有任何道义上的成分在。
可是如此一来，他们便忽略了儒家政府潜在的基本原理。中国官僚政府诚然牵累多而功效少，有时尚且有马虎塞责，又有以伪善作口头禅的倾向，可是它必须应付成千上万的农民（他们是纳税人），所以政府必须清廉。传统中国对本人谦逊对人礼让的作风，足使很多争端无法启齿，且社会体制基于血缘关系构成，又有法律支撑，就用不着法理学上很多高深奥妙的原理，而牵涉到人身权利和财产权利了。政府授权于各家族，让他们教训管束自己的子弟，于是衙门减轻了本身的任务；各官僚在诗歌和哲学上才力充沛，也明知道他们的工作无须全部确凿切实，即司法也离不开相对的成分。由于他们不对各地区特殊的情形认真，所以他们总是可以用最低度的共通因素作为适用于全国的标准，因此整个文官组织的官位差不多都可以互相交换，而一个大帝国即可以用抽象的观念和意识形态治理。除了施政的风向得考虑，其他特殊的情事已无关宏旨。这种体制不好的地方容易被看穿，然则要改弦更张，既要对付中国广泛的疆域和内中各种复杂的情形，又受限于当日技术上能支持的程度（有如交通通讯），也就不合实际亦没有初看起来的容易了。
中国在蒙古人统治时期又在技术上有了进展：造船技术达到了最高峰，直到15世纪中叶明朝时才开始衰退；中国很多桥梁，尤以在长江之南的，在碑镌上皆提及系元代所造；元朝开始由北京通南方的大运河，其河道中途通过高峰；日本的书刊与马可·波罗同样对元军所用的抛射榴弹和纵火炸﹎弹表示印象深刻；郭守敬是天文学家、数学家和水力工程师，曾在忽必烈朝中服务，今日仍有人认为他是当时世界上科学家的最先驱，而元朝创业之主，也钦定编修《农桑辑要》，以后出版多次，公元1315年的印数更达一万部。书中有很多农具图解，看来与本世纪上半期在中国使用的仍是一般无二，而这中间已有了600多年的距离。此间也值得提出：元朝时的两种农作物——棉花与高粱，此时开始输入中国，它们对亿万中国人之衣食影响深切，至今已有好几个世纪。
可是忽必烈和他的继承者，并没有创造一种社会环境去持续这种发展。他不愿接受儒教的首一地位，因为由他看来，儒教的出头等于中国人的出头；他治下人民不仅种族的来源不同，即生活方式也各不相同，他企图找到一种精神上的信仰力量，足以全国通行。在他为中国之主以前，他曾央请马可·波罗的父亲和叔父替他召集“一百个精通基督之法的明哲之士”，只是我们无法确悉他是否一度考虑让全民都信基督教。但他接受喇嘛教，则无疑的有政④治动机在。除了任命八思巴为“国师”之外，他也命令南宋在杭州降元的小皇帝和他的母亲同去西※藏进修喇嘛教。虽说以后下落如何不见于经传，历史家却因这段记载推动了好奇心：要是这年幼的先朝旧主，虽退位仍有亡宋遗臣的爱戴，从此成了宗教领袖，回头又向异族入主之天子保佑祈福，这是何等高妙的如意算盘！可是我们也无法知悉这故事的下文了。